Gurdon Institute Xenopus laevis EST Database

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+ Application in use by Guest User - 16 Oct 2019 - database INFO-PUBLIC =
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By Clone or Sequence Name
Enter clone name to retrieve cluster
clone or transcript name . (Qiagen Xt oligo IDs are also recognised)
which clone end? . 5' 3' cDNA
font size for cluster .
Set frame . 1 2 3 auto find
Manage display
switch off ... . expression profile related clusters menus
activate ... . blast hits
Data may take 10 - 20 seconds to download, please be patient

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 Related Clusters

         CS%  VC Transcript                               Size Type    Links    % In    % Out     Identified Blast Description.
     1   2.0    0Xl3.1-IMAGE:6634066-IMAGp.5                15 END     6           5       40                fibronectin 1 [Xenopus tropicalis]
     2   2.0    0Xl3.1-IMAGE:4970871.5                       6 END     2           1       33                fibronectin protein [Xenopus laevis]

         CS%  VC Transcript                               Size Type    Percent  From       To     Identified Blast Description.
     3   0.0    0Xl3.1-XL463j08ex.3.5                      139 PI      92          1     2891                (no blast hit)

 This cluster: approximate FL confidence score = 0%

 1012768304 Xl3.1-xlk147e24ex.3 - 108 ESTs
                                                                       ......-530......-520......-510......-500......-490......-480......-470......-460......-450......-440......-430......-420......-410......-400......-390......-380......-370......-360......-350......-340......-330......-320......-310......-300......-290......-280......-270......-260......-250......-240......-230......-220......-210......-200......-190......-180......-170......-160......-150......-140......-130......-120......-110......-100......-90.......-80.......-70.......-60.......-50.......-40.......-30.......-20.......-10.......0.........10........20........30........40........50........60........70........80........90........100.......110.......120.......130.......140.......150.......160.......170.......180.......190.......200.......210.......220.......230.......240.......250.......260.......270.......280.......290.......300.......310.......320.......330.......340.......350.......360.......370.......380.......390.......400.......410.......420.......430.......440.......450.......460.......470.......480.......490.......500.......510.......520.......530.......540.......550.......560.......570.......580.......590.......600.......610.......620.......630.......640.......650.......660.......670.......680.......690.......700.......710.......720.......730.......740.......750.......760.......770.......780.......790.......800.......810.......820.......830.......840.......850.......860.......870.......880.......890.......900.......910.......920.......930.......940.......950.......960.......970.......980.......990.......1000......1010......1020......1030......1040......1050......1060......1070......1080......1090......1100......1110......1120......1130......1140......1150......1160......1170......1180......1190......1200......1210......1220......1230......1240......1250......1260......1270......1280......1290......1300......1310......1320......1330......1340......1350......1360......1370......1380......1390......1400......1410......1420......1430......1440......1450......1460......1470......1480......1490......1500......1510......1520......1530......1540......1550......1560......1570......1580......1590......1600......1610......1620......1630......1640......1650......1660......1670......1680......1690......1700......1710......1720......1730......1740......1750......1760......1770......1780......1790......1800......1810......1820......1830......1840......1850......1860......1870......1880......1890......1900......1910......1920......1930......1940......1950......1960......1970......1980......1990......2000......2010......2020......2030......2040......2050......2060......2070......2080......2090......2100......2110......2120......2130......2140......2150......2160......2170......2180......2190......2200......2210......2220......2230......2240......2250......2260......2270......2280......2290......2300......2310......2320......2330......2340......2350......2360......2370......2380......2390......2400......2410......2420......2430......2440......2450......2460......2470......2480......2490......2500......2510......2520......2530......2540......2550......2560......2570......2580......2590......2600......2610......2620......2630......2640......2650......2660......2670......2680......2690......2700......2710......2720......2730......2740......2750......2760......2770......2780......2790......2800......2810......2820......2830......2840......2850......2860......2870......2880......2890......2900......
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                                                   Xl3.1-xlk147e24ex.3                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ACCCGCTACAGGGTCACCTACTCAAGTCCTGAGGATGGAGTAAAAGAGTTGTTCCCAGCTCCAGAAGGGGATGATGACACGGCAGAATTGCACGGTCTGAGGCCGGGCACAGAATACACTGTGAGCATTGTGGCATTGCACGATGACATGGAGAGCAAGCCATTGATTGGGATCCAGAGCACAGCAATTCCAGCACCAACAAATCTTCAGTTCTCCCAAGTGACACCAAGTGGCTTCTCTCTTAGCTGGCATGCACCCACTGTCCATCTCACTGGGTACCTGGTACGGGTGAACCCTAAGGAGAAAACTGGGCCTACGAAGGAAGTTAGACTTTCTCCAGGTGTCGCTGCTACAACTGTAACTGGTCTGATGGTGGCCACAAAATATGAAGTGAATGTTTATGCTCTTAAGGATTCTCTTACAAGTCAGCCACTGCAGGGTTTAATCTCTACACTTGATAATGTTAGTCCACCTCGAAGACCTCGTATCCAAGATGTGACAGAGACCACAGTTACCCTGTCCTGGCGCACTAAGACAGAGACTATAACTGGCTTCCAGATTGATGCTATACCTGCAGACGGTCAGAATCCTATTAGAAGAACAGTTGATGCAGATCTCAGAACATTTACTATCACAGGTTTGCAGCCCGGCACAGACTACAAAATCTATCTCTACACCCTAAATGACAATGCTCGTAGCTCTCCTGTGACTGTTGATGTCACCACAGCTGTGGACTCTCCATCCAACCTGCGTTTCCTCACCACAACTAGCAACTCCCTGCTGTTCACTTGGCAGCCACCTCGCGCTCGTATCACTGGCTATATCATACGCTACGAAAAAGCTGGGGGCCTAATAAAGGAGCACCTCCCACGTCTCCCAGCAGGAACCACAGAGTCTACTCTTACCAACCTGGAGCCAGGCACAGAATATATTATCTATATTATTGCTGTGAGAAACAATATGAAGAGTGAGCCTCTTGTGGGACGTAAGAGAACAGACGAACTCCCCCGCCTGGTTACACTTCCACACCCTGGCCAAGGCCCCGAAATTCTTGATGTTCCCACCGATGAAGAGAACACACCCCACATCACACAAACTAAGTTGGACAACGGTAATGGTATCCAACTTCCAGGCTCTAATGGACAGCAGCCCAGTTCTGACCATGAAGGGCAGCTTATTGAGGAACATGGTTTCAGAAGTCCCCTTGCACCCACTACTGCTGTGCCAGTGAGGCCAGGGAAATTTGCCCCTGGGCGCTACCGCAGAGAGGGTTGATATTGAGCTAGACACGTTTCCTGTGCAGCATGGAGATTTTGATGGTCCTTACCCTCATGGCTTAGGGCCACAGCTGAATGATTCTGGTGTCCAAGAGGTGGCATCCCATACTACAATTTCATGGAGACCTGAGTTGGAAACCACTGAATATATCATCTCTTGCCATCCTATTGACCATGAGGAAGCCCCATTGCAGTTTAGGGTTCCTGGAACCTCTTCCAGTGCCACATTAAATGGGCTGACTCGGGGAGCCACTTATAACATCGTTGTTGAAGCGCAGAAGGGGACTGATAAACACAAGGTCTTAGAGAAGCGTGTGACTGTTGGCAGTCCTGGTTCTCCTGAGGGAGTTTTACAGCCAGTCGAGGATACCTGTTATGATACATTCAGTGGAGCACACTATTCTGTGGGACAGGAATGGGAACGCATGTCAGAATCTGGTTTCAGGCTTTGGTGCAAGTGCCTGGGTTACGGGAGTGGACACTTCAGATGTGACTCATCCAAATGGTGCCATGATAATGGCGTCAATCACAGGATTGGGGAGAAATGGGACAGACGAGGAGAGAATGGACAGATGATGAGTTGTACCTGTCTTGGCAATGGAAAAGGAGAATTTAAGTGTGAACCTCCTGAAGCTACATGCTATGATGAAGGGAAAATGTACAATGTTGGTGAGCAGTGGCAGAAGGAATATCTAGGAGCAATCTGCTCGTGCACATGCTATGGAGGACAGCAAGGGTGGAGGTGTGACAATTGCCGCAGACCAGGTGCTGTTTCTCCCGATGGCACTGCTGGGCAAACAGTGTCTCAGTTTACACAGAGATACCAACAAAACTATAATTTGAACTGCCCCATTGAGTGCTACCTTCCCCTGGGCCTTCAAGCAGATACACAGCACTCACAACAGACCCAGAAGTGAAGAACATCACAATACAGTCGTGGCACCACATGGGTGCACAGGGAGTTCAGTTAACATGCCCATACTAACTGACTGAAGATACAAAATACTTCAAACTTCACTGGAAGTATTTGAATGACATTCAGTATTCAGTGATTGAAATTTTTATGTTAACTTTTGCTTTTTAATTATGGTTGGGAAATGGTCCTTTTTTAAATAAAATAGGTGCTTTTGTTAGTGCCTTTTTCAAATATGGATTAGAAATGAAATTTGTAAAAAGGGCAACACTTGTGGCTGGGAGAATGTGTAATAGTTATTTCAGTGCTGGCTGAGCTGGCATCAGTGGACTTTGAATTCCAGGCAAAAATCAAAGGGACCATTGTTTTTTTTTATAATCCTGAAGTGGTGCTAGACTTGCTGCTTCTGACACAATTACCATATGCACAATCATAATTCCTTTTCCGCACAATCCTTACTAATGCCCAACTTTCCTCTACTGTCAGTGTTATTTATCAGAGTCTGCTTCATATGATTCCTTCTATTTTAATACAGAAAAGTGATTAAGTCTGAAAGTAATGGCAGTTGAATTTGATGTAATTATGGCTGGTGATTTTATTTTATTTTTTTTTATACTGTATGTGCCAAAGCTTTTACTACTGTGGAAAGATAATCAATCATTCTTTTAATAAAAAGATCCTGAAAATATGAAAAAAAAAAAA
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  3   1   2       chi Tad2                            IMAGE:6874515.3p                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  AAGATTAGTCAGCACCTGTGTATACTGTGACATGGTAGCGTATTTTTATAGGGGTGTGACGGACTACTTATATCTTCGCGCGGCGAGAGGATACAAGTAGGAAGTATATACGAATCAACAGGATTTAGGAGTAGACTTAAAGAATATAGGACACGACCAAAGCGCCAGAAGGCGCAAATATTCTCGCCTCGACGTTGCAACAATGGGAAGGAGACAAAGCGCGAAGGCGAAAACAGTTTGGGCCAAGCGTAAAATTGACCCGGGCAAAAGAGGTAAAAAGTGTGGGAGTGTGGCACCCCAATTGAAAAGTGCTTGCCCTTGCACCCAAGGGGCCTTTCCAAGGCAGGTTAACAAACGCCGAGTCACCAAGCAGAACCCCAGAAGGGGAAAGAAACCATCCACAATTACAGTTGGTGGCCACCACCAAGGGTTTGCACCAGGGGGGTTCCAGTTAACATTGCCCATACTTAATTGACGGAAGATACAAAAATACTTCAAACTTCACTGGAAAGTATTTGAAAGACATTCAGTATTCAGTGAGGGAAATTTTTAGGTTAACTTTTGCTTTTTAATTATGGGTTGGGAAATGGTCCTTTTTTAAATAAAATAGGTGCTTTTGTTAGTGCCTTTTTCAAATATGGATTAGAAATGAAATTTGTAAAAAGGGCAACACTTGTGGCTGGGAGAATGTGTAATAGTTATTTCAGTGCTGGCTGAGCTGGCATCAGTGGACTTTGAATTCCAGGCAAAAATCAAAGGGACCATTGTTTTTTTTTTTTATAATCCTGAAGTGGTGCTAGACTTGCTGCTTCTGACACAATTACCATATGCACAATCATAATTCCTTTTCCGCACAATCCTTACTAATGCCCAACTTTCCTCTACTGTCAGTGTTATTTATCAGAGTCTGCTTCATATGATTCCTTCTATTTTAATACAGAAAAGTGATTAAGTCTGAAAGTAATGGCAGTTGAATTTGATGTAATTATGGCTGGTGATTTTATTTTATTTTTTTTTATGGAAAATGTGCCAAAGCTTCCACCCTTTTGGGAAGNNCTTCCCTCCCGGCGGCGCAGCGCTACTCTTGCTGGGTGTTGTTCATCAGAAGGAGAAATTAGA
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  5   1   2       chi Tad1                            IMAGE:6937330.5p                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 GGGGAGAGAATGGACAGATGATGAGTTGTACCTGTCTTGGCAATGGAAAAGGAGAATTTAAGTGTGAACCTCCTGAAGCTACATGCTATGATGAAGGGAAAATGTACAATGTTGGTGAGCAGTGGCAGAAGGAATATCTAGGAGCAATCTGCTCGTGCACATGCTATGGAGGACAGCAAGGGTGGAGGTGTGACAATTGCCGCAGACCAGGTGCTGTTTCTCCCGATGGCACTGCTGGGCAAACAGTGTCTCAGTTTACACAGAGATACCAACAAAACTATAATTTGAACTGCCCCATTGAGTGCTACCTTCCCCTGGGCCTTCAAGCAGATACACAGCACTCACAACAGACCCAGAAGTGAAGAACATCACAATACAGTCGTGGCACCACATGGGTGCACAGGGAGTTCAGTTAACATGCCCATACTAACTGACTGAAGATACAAAATACTTCAAACTTCACTGGAAGTATTTGAATGACATTCAGTATTCAGTGATTGAAatttttatgttaactttttgcttttttAATTATGGGTTGGGAAATGGGTCCTTTTTTAAATAAAAATAGGTGCTTTTTGTTAGTGGCTTTTTTCAAATATGGATTAGAAATGGAAATTTGTTAAAAAGGGCAACACTTGGTGGCCTGGGAGAAATGTGGTAAATAGTTTATTTTCAGTTGCCTGGGCCTGAAGCCTGGGCATCCAGTGGGAACCTTTTGAAATTTTCCAGGGCACAAATATTCAAAAAGGGAACCCCATTTGGTTCtttttttttttttttAAAAAAATCCCTCTGGAGAA
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  5   1   2       bld Gas8      in                    IMAGE:3517506.5p                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            GTTATTTCAGTGCTGGCTGAGCTGGCATCAGTGGACTTTGTATTCCAGGCAAAAATCAAAGGGACCATTGtttttttttttATAATCCTGAAGTGGTGCTAGACTTGCTGCTTCTGACACAATTACCATATGCACAATCATAATTCCTTTTCCGCACAATCCTTACTAATGCCCAACTTTCCTCTACTGTCAGTGTTATTTATCAGAGTCTGCTTCATATGATTCCTTCTATTTTAATACAGAAAAGTGATTAAGTCTGAAAGTAATGGCAGTTGAATTTGATGTAATTATGGCTGGTGAttttattttatttttttttATACTGTATGTGCCAAAGCTTTTACTACTGTGGAAAGATAATCAGTCATTCTTTTTATAAAAGGATCCTGAAATTTGaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaG
  5   1   2       bld Gas8      in                    IMAGE:3517482.5p                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            GTTATTTCAGTGCTGGCTGAGCTGGCATCAGTGGACTTTGAATTCCAGGCAAAAATCAAAGGGACCATTGtttttttttttATAATCCTGAAGTGGTGCTAGACTTGCTGCTTCTGACACAATTACCATATGCACAATCATAATTCCTTTTCCGCACAATCCTTACTAATGCCCAACTTTCCTCTACTGTCAGTGTTATTTATCAGAGTCTGCTTCATATGATTCCTTCTATTTTAATACAGAAAAGTGATTAAGTCTGAAAGTAATGGCAGTTGAATTTGATGTAATTATGGCTGGTGAttttattttatttttttttATACTGTATGTGCCAAAGCTTTTACTACTGTGGAAAGATAATCAATCATTCTTTTAATAAAAAGATCCTGAAAATATGaaaaaaaaaaaaaaaaaaaG
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In case of problems mail me! (mike.gilchrist@crick.ac.uk)