Gurdon Institute Xenopus laevis EST Database

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+ Application in use by Guest User - 16 Oct 2019 - database INFO-PUBLIC =
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 Related Clusters

         CS%  VC Transcript                               Size Type    Percent  From       To     Identified Blast Description.
     1   0.0    0Xl3.1-IMAGE:7295704.5                      23 PI      86       1939     2676                (no blast hit)
     2   0.0    0Xl3.1-IMAGE:6633112.5                      13 PI      89        783     1706                (no blast hit)
     3   0.0    0Xl3.1-IMAGE:6324910.5                      12 PI      93         74      864                T-box protein [Xenopus laevis]

 This cluster: approximate FL confidence score = 80%

 1012768429 Xl3.1-IMAGE:6861212.5 - 77 ESTs
                                                                       ......-10.......0.........10........20........30........40........50........60........70........80........90........100.......110.......120.......130.......140.......150.......160.......170.......180.......190.......200.......210.......220.......230.......240.......250.......260.......270.......280.......290.......300.......310.......320.......330.......340.......350.......360.......370.......380.......390.......400.......410.......420.......430.......440.......450.......460.......470.......480.......490.......500.......510.......520.......530.......540.......550.......560.......570.......580.......590.......600.......610.......620.......630.......640.......650.......660.......670.......680.......690.......700.......710.......720.......730.......740.......750.......760.......770.......780.......790.......800.......810.......820.......830.......840.......850.......860.......870.......880.......890.......900.......910.......920.......930.......940.......950.......960.......970.......980.......990.......1000......1010......1020......1030......1040......1050......1060......1070......1080......1090......1100......1110......1120......1130......1140......1150......1160......1170......1180......1190......1200......1210......1220......1230......1240......1250......1260......1270......1280......1290......1300......1310......1320......1330......1340......1350......1360......1370......1380......1390......1400......1410......1420......1430......1440......1450......1460......1470......1480......1490......1500......1510......1520......1530......1540......1550......1560......1570......1580......1590......1600......1610......1620......1630......1640......1650......1660......1670......1680......1690......1700......1710......1720......1730......1740......1750......1760......1770......1780......1790......1800......1810......1820......1830......1840......1850......1860......1870......1880......1890......1900......1910......1920......1930......1940......1950......1960......1970......1980......1990......2000......2010......2020......2030......2040......2050......2060......2070......2080......2090......2100......2110......2120......2130......2140......2150......2160......2170......2180......2190......2200......2210......2220......2230......2240......2250......2260......2270......2280......2290......2300......2310......2320......2330......2340......2350......2360......2370......2380......2390......2400......2410......2420......2430......2440......2450......2460......2470......2480......2490......2500......2510......2520......2530......2540......2550......2560......2570......2580......2590......2600......2610......2620......2630......2640......2650......2660......2670......2680......2690......2700......2710......2720......2730......2740......2750......2760......2770......2780
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                                                 Xl3.1-IMAGE:6861212.5                 GTTTTTATATTGAGCATTCACCTGCAGGGGCCCATGTGATAGCCTATAGCTACAGTGCTGGAATGAGAAACTGCTGTCGGGAATGCGGCCTCTCTGCGGGGCATCTGGAACCAGAGGCTTCTTCTAACTGTGTGCCGGATGTAAAGTCTTCCCCAGACATGGACAGTGTCTCCAGCCAAGACTCCCTCTACCTGCCCAACACTGTTGGTGCCTCCCTGGAAGACCAAGATCTATGGTCCCAGTTCCACCAGGAGGGGACAGAGATGATCATCACCAAATCTGGAAGGAGGATGTTTCCTCAGTGTAAGATCCGTCTCTTCGGTCTTCATCCTTATGCCAAGTACATGCTGCTGGTGGACTTTGTTCCTCTGGACAACTTTAGGTATAAGTGGAATAAGAACCAGTGGGAAGCAGCAGGTAAAGCAGAACCTCACCCACCCTGCAGGACGTATGTCCACCCAGATTCACCTGCTCCTGGTGCCCACTGGATGAAGGATCCGATCTGCTTTCAGAAGCTCAAACTCACCAACAACACATTGGATCAACAAGGCCATATTATCTTGCATTCAATGCATCGCTACAAGCCCAGGTTCCATGTAGTTCAGTCTGATGACATGTACAATTCTCCATGGGGATTGGTACAAGTGTTTAGCTTCCCAGAGACAGAGTTTACTTCAGTGACTGCCTACCAGAATGAAAAGATTACTAAACTGAAAATTAATCACAACCCATTTGCTAAAGGATTCCGGGAGCAGGAAAGGAGTCACAAGAGGGATGATGTTTTAAAGATTCTACAACAAAGTCCCAGTAAAAGGCAGAAGAGGAAGAAGTGGGAGGACAGTCCTGAGGCTGATATTTCAGATTTCCCCAAGGCTATATGTGTGAAGGAGGAATCCATTATGGACCCAGCAGGAGTTTATCAGAACTGGGTTTCAGATCACGAGGCTAACCAAGGCTTGACACCCCACTCCCCTGAGTCTGAGGGTGCCAATCAGGAGCAGCAAGTCCCCACATCTTCCTCTAACTTCTACAACAAGAGCCATTATCGAAGGAGTTCCCAACATCTCTCCTCGCCATTTGAATTGGGAGAGCCCTCTAGCAGACGTCTTACCCCTGACATTGCTACAGTGCCGGATTCCGATCCAGATTCTTTAGCAGTGTTTCATGTCATTCCAACACAGAATTCTGCTCCAGAACGCACATGTTCTATGAACTTTTCCATGGAAGCTCCAATGAAACAGCCCCTCCGGGGTGCCATGTACAGCCCTTATGGAGCAGATCAGTGGTTGGTTCCAGCTCAAGGTCAATATCGACCTGTGGGCTATACTGCATACCCAACAGACTTAAGCACACAAGGAGCAGTAGCTCACCCACATAGTGCGATGTCAGACTGGAGCCAATACTCTCTCTTCCCCTACAGCTGTTGGTAAATGGGTTAAGGGAAATGTGTATCCACAGTCCTTACCCATCCATGCCAATACCTCAGTCCTGATTTCTTGTTGGGGGGGGAGCGGGGCTGTGTGGTTTTGCATCTCTTGAGGCTTCAGGACCTCCTTAAAAACCCTGCATTGGAGGTTGCATGGAGAGGTTTGATTACAATATTTGTTGGACTAAAAGGTGTCACTTTATCAGCACAAACAGTAGGTTGCCCCTGTGGCTTGTGATCAGGGGAATCTCTACTGTACTTGAACTTAAATGTATTTATTTTAAAGATTAGCAAGTAAATGTGAGAAACCGTGGGGGGGTGCGTTAAAGCAGATCTCCAGAAGAGAACCCGGGAAAGCAGTTATGGATTTATAGAACAAAGTAATGGGGCCATGAACAGAAGCAGTTTTCTCTTGACTTTAAGTGGTGGTACAGCCATCTAACTCTCCATTTTCTTAATGTCCCCAATTATTGCCTTTCACTCAATTATACTATGGTCTGTTTTGTTTTTTGTTTTTTTAAACTATAATTTTGATTACAGTTTTGCACCTTACATTTTCCAGGGTGGTGGTTTGCAGCACTAATCTGTGACAGTGTGTACAGCAGGTGTTTGTGCTTTTGTGCACTGCTCGGGAAATGTGTGTGTATTTGGGGGGAGTGTGTGTTCACTAAAGATTGTACTGCTGACTATGAGACTAACGCTGTGCAATATTCACAGGGATAGGCAAAATTTGGTGTTCCATCTAAAGCAAAGCTACAGCTTCCAGTATTGCCTCTAGATGAGAGCACTACTTCTGCAATAGCAGGGTCACCAAAGGCTGCCTAACTCTGCATATTTTCACATTAGCATAACCTCTGGCAATGATTGGGACAATTGACTCCAAAAGTGGGGTAAACATGTAACAAATATTAATCCTTGCATTCTGTGATTAGTTAAATAAACATGGGATGGTTTGTTTGCTCTTTGTTCTACAGATTCAGTAGCAGCTCAGCAGTTAAAGGGTTTGTGTAATTGCTTGTAAAGCTAGGTTTTGTGGGAGGGCTGCAGGCAGAACAGTATGTATTCTGTATAGAACACATCTGTAAATAGATTTTATTTAAGAATTGTTTTTGACTATGAAATGTGTTTTAATGTGACTTTTATTTAATGGCATGAACTGAGGAAGGAAACAATGAAGTGTCATTTGTTTTGTCTCCATCTGGTTATACACCTTCAATAAATGTTTTCCTTATTTCAAAAAAAAAAAAAAA
                                                  Xl3.1-CHK-1012685902                       ATATTGAGCATTCACCTGCAGGGGCCCATGTGATAGCCTATAGCTACAGTGCTGGAATGAGAAACTGCTGTCGGGAATGCGGCCTCTCTGCGGGGCATCTGGAACCAGAGGCTTCTTCTAAxTxTxTGCCGGATGTAAAGTCTTCCCCAGACATGGACAGTGTCTCCAGCCAAGACTCCCTCTACCTGCCCAACACTGTTGGTGCCTCCCTGGAAGACCAAGATCTATGGTCCCAGTTCCACCAGGAGGGGACAGAGATGATCATCACCAAATCTGGAAGGAGGATGTTTCCTCAGTGTAAGATCCGTCTCTTCGGTCTTCATCCTTATGCCAAGTACATGCTGCTGGTGGACTTTGTTCCTCTGGACAACTTTAGGTATAAGTGGAATAAGAACCAGTGGGAAGCAGCAGGTAAAGCAGAACCTCACCCACCCTGCAGGACGTATGTCCACCCAGATTCACCTGCTCCTGGTGCCCACTGGATGAAGGATCCGATCTGCTTTCAGAAGCTCAAACTCACCAACAACACATTGGATCAACAAGGCCATATTATCTTGCATTCAATGCATCGCTACAAGCCCAGGTTCCATGTAGTTCAGTCTGATGACATGTACAATTCTCCATGGGGATTGGTACAAGTGTTTAGCTTCCCAGAGACAGAGTTTACTTCAGTGACTGCCTACCAGAATGAAAAGATTACTAAACTGAAAATTAATCACAACCCATTTGCTAAAGGATTCCGGGAGCAGGAAAGGAGTCACAAGAGGGATGATGTTTTAAAGATTCTACAACAAAGTCCCAGTAAAAGGCAGAAGAGGAAGAAGTGGGAGGACAGTCCTGAGGCTGATATTTCAGATTTCCCCAAGGCTATATGTGTGAAGGAGGAATCCATTATGGACCCAGCAGGAGTTTATCAGAACTGGGTTTCAGATCACGAGGCTAACCAAGGCTTGACACCCCACTCCCCTGAGTCTGAGGGTGCCAATCAGGAGCAGCAAGTCCCCACATCTTCCTCTAACTTCTACAACAAGAGCCATTATCGAAGGAGTTCCCAACATCTCTCCTCGCCATTTGAATTGGGAGAGCCCTCTAGCAGACGTCTTACCCCTGACATTGCTACAGTGCCGGATTCCGATCCAGATTCTTTAGCAGTGTTTCATGTCATTCCAACACAGAATTCTGCTCCAGAACGCACATGTTCTATGAACTTTTCCATGGAAGCTCCAATGAAACAGCCCCTCCGGGGTGCCATGTACAGCCCTTATGGAGCAGATCAGTGGTTGGTTCCAGCTCAAGGTCAATATCGACCTGTGGGCTATACTGCATACCCAACAGACTTAAGCACACAAGGAGCAGTAGCTCACCCACATAGTGCGATGTCAGACTGGAGCCAATACTCTCTCTTCCCCTACAGCTGTTGGTAAATGGGTTAAGGGAAATGTGTATCCACAGTCCTTACCCATCCATGCCAATACCTCAGTCCTGATTTCTTGTTGGGGGGGGAGCGGGGCTGTGTGGTTTTGCATCTCTxxxGxxTTCAGGACCTCCTTAAAAACCCTGxxTxGGAGGTTGCATGGAGAGGTTTGATTACAATATTTGTTGGACTAAAAGGTGTCACTTTATCAGCACAAACAGTAGGTTGCCCCTGTGxxTxxxGATCAGGGGAATCTCTACxxxxxxTxxAxxTAAATGTATTTATTTTAAAGATTAGCAAGTAAATGTGAGAAACxxxGGGGGGGTGCGTTAAAGCAGATCTCCAGAAGAGAACCCGGGAAAGCAGTTATGGATTTATAGAACAAAGTAATGGGGCCATGAACAGAAGCAGTTTTCTCTTGACTTTAAGTGGTGGTACAGCCATCTAACTCTCCATTTTCTTAATGTCCCCAATTATTGCCTTTCACTCAATTATACTATGGTCTGTTTTGTTTTTTGTTTTTTTAAACTATAATTTTGATTACAGTTTTGCACCTTACATTTTCCAGGGTGGTGGTTTGCAGCACTAATCTGTGACAGTGTGTACAGCAGGTGTTTGTGCTTTTGTGCACTGCTCGGGAAATGTGTGTGTATTTGGGGGGAGTGTGTGTTCACTAAAGATTGTACTGCTGACTATGAGACTAACGCTGTGCAATATTCACAGGGATAGGCAAAATTTGGTGTTCCATCTAAAGCAAAGCTACAGCTTCCAGTATTGCCTCTAGATGAGAGCACTACTTCTGCAATAGCAGGGTCACCAAAGGCTGCCTAACTCTGCATATTTTCACATTAGCATAACCTCTGGCAATGATTGGGACAATTGACTCCAAAAGTGGGGTAAACATGTAACAAATATTAATCCTTGCATTCTGTGATTAGTTAAATAAACATGGGATGGTTTGTTTGCTCTTTGTTCTACAGATTCAGTAGCAGCTCAGCAGTTAAAGGGTTTGTGTAATTGCTTGTAAAGCTAGGTTTTGTGGGAGGGCTGCAGGCAGAACAGTATGTATTCTGTATAGAACACATCTGTAAATAGATTTTATTTAAGAATTGTTTTTGACTATGAAATGTGTTTTAATGTGACTTTTATTTAATGGCATGAACTGAGGAAGGAAACAATGAAGTGTCATTTGTTTTGTCTCCATCTGGTTATACACCTTCAATAAATGTTTTCCTTATTTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAGCG
                                                      consensus depths                      2     2     2     2     2     3     2     5     3     5     5     7     9    11    10    11    12    15    12    20    12    25    13    26    25    26    26    26    26    26    26    26    26    26    26    26    26    26    26    26    26    26    26    26    26    26    26    26    26    26    27    27    27    27    27    27    27    27    28    28    28    28    28    28    28    28    28    28    28    28    29    29    29    29    29    30    30    30    30    30    29    29    28    29    29    30    29    30    29    30    29    30    29    30    29    30    28    30    29    30    29    30    29    30    29    30    28    30    26    29    26    29    26    29    25    29    23    28    24    28    24    28    23    28    21    28    22    27    20    28    17    25    16    24    14    24    14    24    14    23    12    22    12    22    11    22    10    22     9    22    10    24    10    22    10    22    10    22    11    22    11    22     9    19     9    18     9    16     9    13     9    12     9    12     9    12     9    11    11    13    11    13    11    13    11    13    11    13    11    13    11    13    11    13    11    13    11    13    10    13    11    13    11    13    11    13    11    12     8    12     7    12     6    12     6    12     6    12     5    12     4    11     5    11     5     9     5     9     5     9     5     9     5     9     5    10     5    10     5    10     4     9     4     9     4     9     4     9     3     8     3     8     2     8     2     8     3     9     3     9     3     9     3    10     3    12     4    12     4    12     4    14     4    14     4    15     5    15     6    13     4    13     6    13     6    13     6    13     5    13     9    13     7    12     7    12     9    14     9    14     9    14     9    15    11    15    10    15    10    15    12    16    12    15    13    17    16    22    15    22    15    22    19    22    19    23    18    23    20    25    22    25    22    26    21    25    24    26    24    25    25    27    25    27    26    29    25    28    25    28    25    28    24    28    24    28    26    29    25    29    26    29    25    29    26    28    26    28    24    28    26    27    26    27    26    27    27    29    28    29    28    28    28    28    28    28    28    28    28    29    27    29    27    29    27    29    27    29    27    29    27    29    27    29    27    29    28    29    28    29    27    29    23    29    22    29    23    29    23    29    22    28    21    27    21    27    21    27    21    26    21    26    21    26    16    23    11    17     8    11     8    11     6     8     3     4
                                                                   VAR                                                                                                                             ATTAGTTTAGGAACATGCATTCTC
                                                                   SNP                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         -------A----
                                                                   SNP                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     -T----------
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                                                                   SNP                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ----G-------
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  5   1   2       bld Egg1                               PBX0111B03.5p                                                                                 CACGAGGGCTGTCGGGAATGCGGCCTCTCTGCGGGGCATCTGGAACCAGAGGCTTCTTCTAACTGTGCATCATATGTAAAGTCTTCCCCAGCACATGGACAGTGTCTCCAGCCAAGACTCCCTCTACCTGCCCAACACTGTTGGTGCCTCCCTGGAGGACCAAGATCTATGGTCCCAGTTCCACCAGGAGGGGACAGAGATGATCATCACCAAATCTGGAAGGAGGATGTTTCCTCAGTGTAAGATCCGTCTCTTCGGTCTTCATCCTTATGCCAAGTACATGCTGCTGGTGGACTTTGTTCCTCTGGACAACTTTAGGTATAAGTGGAATAAGAACCAGTGGGAAGCAGCAGGTAAAGCAGAACCTCACCCACCCTGCAGGACGTATGTCCACCCAGATTCACCTGCTCCTGGTGCCCACTGGATGAAGGATCCGATCTGCTTTCAGAAGCTCAAACTCACCAACAACACATTGGATCAACACGGCCATATTATCTTGCATTCAATGCATCGCTACAAGCCCAGGTTCCATGTAGTTCAGTCTGATGACATGTACAATTCTCCATGGGGATTGGTACAAGTGTTTAGC
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  5   1   2       bld Ga12      in                         XL162h08.5p                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      GCCTAACTCTGCATATTTTNNCATTAGCATAACCTCTGGCAATGATTGGGACAATTGACTCCAAAAGTGGGGTAAACATGTAACAAATATTAATCCTTGCATTCTGTGATTAGTTAAATAAACATGGGATGGTTTGTTTGCTCTTTGTTCTACAGATTCAGTAGCAGCTCAGCAGTTAAAGGGTTTGTGTAATTGCTTGTAAAGCTAGGTTTTGTGGGAGGGCTGCAGGCAGAACAGTATGTATTCTGTATAGAACACATCTGTAAATAGATTTTAtttaagaattgtttttgactatgaaatgtgttttaatgtgacttttatttaATGGCATGAACTGAGGAAGGAAACAATGAAGTGTCATTTGTTTTGTCTCCATCTGGTTATACACCTTCAATAAATGTTTTCCTTATTTCaaaaaaaaaa
  3   1   2       bld Ga12      in                         XL162h08.3p                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      GCCTAACTCTGCATATTTTCACATTAGCATAACCTCTGGCAATGATTGGGACAATTGACTCCAAAAGTGGGGTAAACATGTAACAAATATTAATCCTTGCATTCTGTGATTAGTTAAATAAACATGGGATGGTTTGTTTGCTCTTTGTTCTACAGATTCAGTAGCAGCTCAGCAGTTAAAGGGTTTGTGTAATTGCTTGTAAAGCTAGGTTTTGTGGGAGGGCTGCAGGCAGAACAGTATGTATTCTGTATAGAACACATCTGTAAATAGATTTTATTTAAGAATTGTTTTTGACTATGAAATGTGTTTTAATGTGACTTTTATTTAATGGCATGAACTGAGGAAGGAAACAATGAAGTGTCATTTGTTTTGTCTC
  3   1   2       bld Ga11                            IMAGE:3475057.3p                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      AACAAATATTAATCCTTGCATTCTGTGATTAGTTAAATAAACATGGGATGGTTTGTTTGCTCTTTGTTCTACAGATTCAGTACCAGCTCAGCAGTTAAAGTGGTTTGTGTAATTGCTTGTAAAGCTAGGTTTTGTGGGAGGGCTGCAGGCAGAGCAGTGTGTATTAAAAATAGAACACATCTGTAAATAGATTTTATTTAAGAAAAAAATTAGACTATGAAATGTGTTTTAATGTGACATTTATTTAATGGCATGAACTGAGGAAGGAAACAATGAAGTGTCATTTGTTTTGTCTCCATCTGGTTATACACCTTCAATAAATGTTTTCCTTATTTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAGCGGCTGCGTCGACACTAGTTCTCTCCCGGGGATTCCCCGGGCCCGGGGAATTCAGATCTGCCAAAGTTGAGCGTTTATTCTGAGCTTCTGCAAAAA

In case of problems mail me! (mike.gilchrist@crick.ac.uk)