Gurdon Institute Xenopus laevis EST Database

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+ Application in use by Guest User - 20 Jan 2022 - database INFO-PUBLIC =
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clone or transcript name . (Qiagen Xt oligo IDs are also recognised)
which clone end? . 5' 3' cDNA
font size for cluster .
Set frame . 1 2 3 auto find
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activate ... . blast hits
Data may take 10 - 20 seconds to download, please be patient

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 Related Clusters

         CS%  VC Transcript                               Size Type    Links    % In    % Out     Identified Blast Description.
     1   2.0    0Xl3.1-IMAGE:8071598.5                      26 END     10         27       38                (no blast hit)

         CS%  VC Transcript                               Size Type    Percent  From       To     Identified Blast Description.
     2   0.0    0Xl3.1-IMAGE:6325164.5                     107 PI      88          1      876                (no blast hit)

 This cluster: approximate FL confidence score = 0%

 1012769661 Xl3.1-XL476i04ex.3 - 37 ESTs
                                                                       -1000.....-990......-980......-970......-960......-950......-940......-930......-920......-910......-900......-890......-880......-870......-860......-850......-840......-830......-820......-810......-800......-790......-780......-770......-760......-750......-740......-730......-720......-710......-700......-690......-680......-670......-660......-650......-640......-630......-620......-610......-600......-590......-580......-570......-560......-550......-540......-530......-520......-510......-500......-490......-480......-470......-460......-450......-440......-430......-420......-410......-400......-390......-380......-370......-360......-350......-340......-330......-320......-310......-300......-290......-280......-270......-260......-250......-240......-230......-220......-210......-200......-190......-180......-170......-160......-150......-140......-130......-120......-110......-100......-90.......-80.......-70.......-60.......-50.......-40.......-30.......-20.......-10.......0.........10........20........30........40........50........60........70........80........90........100.......110.......120.......130.......140.......150.......160.......170.......180.......190.......200.......210.......220.......230.......240.......250.......260.......270.......280.......290.......300.......310.......320.......330.......340.......350.......360.......370.......380.......390.......400.......410.......420.......430.......440.......450.......460.......470.......480.......490.......500.......510.......520.......530.......540.......550.......560.......570.......580.......590.......600.......610.......620.......630.......640.......650.......660.......670.......680.......690.......700.......710.......720.......730.......740.......750.......760.......770.......780.......790.......800.......810.......820.......830.......840.......850.......860.......870.......880.......890.......900.......910.......920.......930..
 ?   ?   ?    ?    ?     ?    ?   ? 
                                                    Xl3.1-XL476i04ex.3                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         AATAACACCATATTTGTCCAAGGCTTGGGTGAAGATGTTTCAGAAGAACAAATTTCTGACTTCTTCAAGCAGATTGGCATTATTAAGATCAACAAAAAGACTGGAAAACCAATGATAAATCTCTATGCAGACAAAGAAACGGGCAAATCAAAAGGTGAAGCCACAGTGTCCTTTGATGATCCTCCATCAGCTAAAGCAGCAATTGAGTGGTTTGATGGTAAGACGTTTCTTGGCAATGCTATTAAAGTTTCCTTTGCGACTCGGAGGCCAGAGTTCATGAGAGGAGGTGGTGGTGGAGCAGAAGGAGGAGGTGGAAGACGTGGAGGTGGTCACAGAGGTGGTGGCTTTGGAGGCCGTGGTTCTTTCAGAGGTGGCAGCGGTGGTCCTCAGAATGGTGACTGGGTTTGCCCAAATCCCTCCTGTGGTAATGTCAACTTTGCAAGAAGAGATTCTTGTAACAAGTGCAGTGAGCCCAGACCAGAAGATTCAAGACATGGTGGAGATCGAGGACGAGGTGGCTATGGAGGAGATAGAGGGTATAGAGGACGTGGAAGGGGAGGTGACAGAGGTGGTGGATATGGGGGTAAAATGGGAGGCCGGAATGACTACAGAAGTGACCAGCGTAACAGACCTTATTGAAGCTTGTCTTTTGCTTTAAAAGTGACCTCCATATATTTAGAATTATGTCATATGCCTCATACTTTGTTTTGTTTTTGACTTCCCCTAAAATGTGAGAACATTTTTTTTCTTTTGCGTGTCCTAAAATGTAACAGATTTACAGATGTCTGCCCCTAAATACATGGATTTGATCAATGCGAAACCTGCCAATAGATGTTTTGTAATACAATAAATAAGAATTGTTTTTATTTAAAAAAA
                                                  Xl3.1-CHK-1012687466                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ACCATATTTGTCCAAGGCTTGGGTGAAGATGTTTCAGAAGAACAAATTTCTGACTTCTTCAAGCAGATTGGCATTATTAAGATCAACAAAAAGACTGGAAAACCAATGATAAATCTCTATGCAGACAAAGAAACGGGCAAATCAAAAGGTGAAGCCACAGTGTCCTTTGATGATCCTCCATCAGCTAAAGCAGCAATTGAGTGGTTTGATGGTAAGACGTTTCTTGGCAATGCTATTAAAGTTTCCTTTGCGACTCGGAGGCCAGAGTTCATGAGAGGAGGTGGTGGTGGAGCAGAAGGAGGAGGTGGAAGACGTGGAGGTGGTCACAGAGGTGGTGGCTTTGGAGGCCGTGGTTCTTTCAGAGGTGGCAGCGGTGGTCCTCAGAATGGTGACTGGGTTTGCCCAAATCCCTCCTGTGGTAATGTCAACTTTGCAAGAAGAGATTCTTGTAACAAGTGCAGTGAGCCCAGACCAGAAGATTCAAGACATGGTGGAGATCGAGGACGAGGTGGCTATGGAGGAGATAGAGGGTATAGAGGACGTGGAAGGGGAGGTGACAGAGGTGGTGGATATGGGGGTAAAATGGGAGGCCGGAATGACTACAGAAGTGACCAGCGTAACAGACCTTATTGAAGCTTGTCTTTTGCTTTAAAAGTGACCTCCATATATTTAGAATTATGTCATATGCCTCATACTTTGTTTTGTTTTTGACTTCCCCTAAAATGTGAGAACATTTTTTTTCTTTTGCGTGTCCTAAAATGTAACAGATTTACAGATGTCTGCCCCTAAATACATGGATTTGATCAATGCGAAACCTGCCAATAGATGTTTTGTAATACAATAAATAAGAATTGTTTTTATTTA
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                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         PROTEIN === Ci ==== 4e-018     NP_001027768.1 glycine rich RNA binding protein [Ciona intestinalis] ================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          PROTEIN --- Ce ---- 3e-026     NP_495483.1 Protein -binding like (45.2 kD) [Caenorhabditis elegans] -----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------=============================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            PROTEIN --- Os ---- 2e-037     NP_001062815.1 Os09g0299500 [Oryza sativa (japonica cultivar-group)] -----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------=================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           PROTEIN --- Ag ---- 1e-044     XP_321451.4 AGAP001645-PA [Anopheles gambiae str. PEST] ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------========================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
                                                                       ...PREDICTED - Sp ---- 5e-045     XP_001196853.1 PREDICTED: similar to ENSANGP00000022179 [Strongylocentrotus purpuratus] -----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------=================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             PROTEIN --- Dm ---- 4e-052     NP_727946.1 CG3606-PA [Drosophila melanogaster] --------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------======================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     PROTEIN --- Dr ---- 6e-079     NP_001073442.1 pigpen [Danio rerio] -----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------============================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          PREDICTED - Bt ---- 2e-083     XP_871684.2 PREDICTED: hypothetical protein isoform 2 [Bos taurus] -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------============================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       PROTEIN --- Hs ---- 7e-084     NP_631961.1 TBP-associated factor 15 isoform 1; TAF15 RNA polymerase II, TATA box bindingprotein (TBP)-associated factor, 68 kD; TATA box-binding protein-associatedfactor 2N (RNA-binding protein 56); TATA box binding protein (TBP)-associatedfactor, RNA polymerase II,  [Homo sapiens]  --------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------============================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             PROTEIN --- Mm ---- 5e-084     NP_081703.1 TAF15 RNA polymerase II, TATA box binding protein (TBP)-associated factor; TATAbox binding protein (TBP)-associated factor, RNA polymerase II, N, 68kD (RNAbinding protein 56); TAF15 RNA polymerase II, TATA box binding protein(TBP)-associated factor, 68 kDa [Mus musculus]  --------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------=====================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
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                                                                                                                                                                                                            PROTEIN --- Xt ---- 2e-115     NP_001004806.1 MGC69517 protein [Xenopus tropicalis] ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------============================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
                                                                                                                                                                                                                                                                                          PROTEIN --- Xl ---- 1e-128     NP_001087676.1 MGC82028 protein [Xenopus laevis] -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------============================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
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  3   1   2       bld Neu7 5g3  out                        XL014a20.3p                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      AAGCCACAGTGTCCTTTGATGATCCTCCATCAGCTAAAGCAGCAATTGAGTGGTTTGATGGTAAGACGTTTCTTGGCAATGCTATTAAAGTTTCCTTTGCGACTCGGAGGCCAGAGTTCATGAGAGGAGGTGGTGGTGGAGCAGAAGGAGGAGGTGGAAGACGTGGAGGTGGTCACAGAGGTGGTGGCTTTGGAGGCCGTGGTTCTTTCAGAGGTGGCAGCGGTGGTCCTCAGAATGGTGACTGGGTTTGCCCAAATCCCTCCTGTGGTAATGTCAACTTTGCAAGAAGAGATTCTTGTAACAAGTGCAGTGAGCCCAGACCAGAAGATTCAAGACATGGTGGAGATCGAGGACGAGGTGGCTATGGAGGAGATAGAGGGTATAGAGGACGTGGAAGGGGAGGTGACAGAGGTGGTGGATATGGGGGTAAAATGGGAGGCCGGAATGACTACAGAAGTGACCAGCGTAACAGACCTTATTGAAGCTTGTTTTTTGCTTTTAAAAGTGACCTCCATATATTTAGAATTATGTCATATGCCTCATACTTTGTTTTGTTTTTGACTTCCCCTAAAATGTGAGAACATTTTTTTTCTTTTGCGTGTCCTANAATGTAACAGATTTACAGATGTCTGCCCCTAAATACATGGATTNTATCAATGCG
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  3   1   2       bld Ga15 5g3  out                      XL402b23ex.3p                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              TGGAGCAGAAGGAGGGGGTGGAAGACGTGGAGGTGGTCACAGAGGTGGTGGCTTTGGAGGCCGTGGTTCTTTCAGAGGTGGCAGCGGTGGTCCTCAGAATGGTGACTGGGTTTGCCCAAATCCCTCCTGTGGTAATGTCAACTTTGCAAGAAGAGATTCTTGTAACAAGTGCAGTGAGCCCAGACCAGAAGATTCAAGACATGGTGGAGATCGAGGACGAGGTGGCTATGGAGGAGATAGAGGGTATAGAGGACGTGGAAGGGGAGGTGACAGAGGTGGTGGATATGGGGGTAAAATGGGAGGCCGGAATGACTACAGAAGTGACCAGCGTAACAGACCTTATTGAAGCTTGTCTTTTGCTTTAAAAGTGACCTCCATATATTTAGAATTATGTCATGCCTCATACTTTATTTGTTTTGTTTTTGACTTCCCCTAAAATGTGAGAACATTTTTTTTCTTTTGCGTGTCCTAAAATGTAACAGATTTACAGATGTCTGCCCCTAAATACATGG
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