Gurdon Institute Xenopus laevis EST Database

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+ Application in use by Guest User - 04 Mar 2021 - database INFO-PUBLIC =
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By Clone or Sequence Name
Enter clone name to retrieve cluster
clone or transcript name . (Qiagen Xt oligo IDs are also recognised)
which clone end? . 5' 3' cDNA
font size for cluster .
Set frame . 1 2 3 auto find
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switch off ... . expression profile related clusters menus
activate ... . blast hits
Data may take 10 - 20 seconds to download, please be patient

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 Related Clusters

         CS%  VC Transcript                               Size Type    Links    % In    % Out     Identified Blast Description.
     1   2.0    0Xl3.1-IMAGE:7202362.5                      15 END     1           3        6                (no blast hit)
     2   2.0    0Xl3.1-IMAGE:6860055.5                       7 END     2           7       28                (no blast hit)

 This cluster: approximate FL confidence score = 0%

 1012770597 Xl3.1-xl282k22.3 - 26 ESTs
                                                                       .....-20.......-10.......0.........10........20........30........40........50........60........70........80........90........100.......110.......120.......130.......140.......150.......160.......170.......180.......190.......200.......210.......220.......230.......240.......250.......260.......270.......280.......290.......300.......310.......320.......330.......340.......350.......360.......370.......380.......390.......400.......410.......420.......430.......440.......450.......460.......470.......480.......490.......500.......510.......520.......530.......540.......550.......560.......570.......580.......590.......600.......610.......620.......630.......640.......650.......660.......670.......680.......690.......700.......710.......720.......730.......740.......750.......760.......770.......780.......790.......800.......810.......820.......830.......840.......850.......860.......870.......880.......890.......900.......910.......920.......930.......940.......950.......960.......970.......980.......990.......1000......1010......1020......1030......1040......1050......1060......1070......1080......1090......1100......1110......1120......1130......1140......1150......1160......1170......1180......1190......1200......1210......1220......1230......1240......1250......1260......1270...
 ?   ?   ?    ?    ?     ?    ?   ? 
                                                      Xl3.1-xl282k22.3                          TCCTGTGACTCCCCCCAAACTGTGCTCCCCTCATTGTCATTATTGGGGTGTAACTATAGAGGAAGCAGATCTGGGGGCCTGATGGGTAACCGACTTATTCCTATAGTAATGATTTTGCTGTGGGGCCCAGTAACTTCTAATGAAGGGCCACGGCCAGATGCCCCCCCCAAATTTCCCAGTCCAGTTATTATGGGTATTTCCTGGTACTCGTGTATCAACTTCCTTTCTGGTGAATGAACGGCAGTCCAGTCTTACTTTATGGCACTGATTCTAGACACATCCAGCCCTTCCTCCCATATACAGGATTCTGTATTCATAGTAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAATTTTGGGGGGAAATTACTGAGAGTAGTGGCTACAGGGCTTGGCTTGAAAGTAGGAGGCGGAGCAGGAAAATATGCAAAATGGCTGGTAACCATAGCAACCAGGTAGTTTAAACGCCAGGCAGCTCAGAAACGGACAGAAATCAGTTTCCACCCCAAAAATAAAGGTCATTGGCGATTAAATAAAGTGTCCAAAAAAGAAAAACCCTACTTCCCCTCTCAATCAAAACCTTCCAGACTTGCATTCTTATTGCTGAACTATAACTCTCCTCTCCCGGCCAATGGGAGCTGCTGACAAGATTTAGGTCAAGTTGCCAGAACCTTGTTTTTTTTATATATATATATAATCTATTGCCCCCCGATATTTTCCTAACGACTGTTATTTTTATAGAGTTTTCTATTTAATAAACTGTTTATATAAATATATTTTGGGTCATGACGCGGGTTAATGAACCAGCTGGTTACTGGAATGGGCCGGGGGTACCCCCCACTAATCCTCTGCTTCGCTAATTACGTTATGTGCCAGCATGGAAGCCATACGAAGGGTTAATATTGGCTTGTGATGCTGAGTGTAACAAGTCGCCATTCATTGTGGCGGATATCTTGTTGCTAGGGTGCTGCTGACCTAGCAACCACACCGGGGTTAAACATAAGGATCAACACTAAGCTACATGAGAGTGCCATTGTTACTGTCCCTTTAAGGATTAAGCGTGTGGCCCCCAGGACCCCCGGCTCCTATTTCTGCTTTTCTATTGGCTCTCGCTCAGGGCAGGAGACTGGGACTTTGTTACGACTCTCACAGTGAAAGTGATGCCGTGTTTCTTGTGGGAAATTGGGGTGCAGTTGTGTTGTACAAAGTGCCGCAATAATCAGCCAATGTTCATGAGTCTTTATATGTAATAAATACACCGATGTT
                                                  Xl3.1-CHK-1012688564                                GACTCCCCCCAAACTGTGCTCCCCTCATTGTCATTATTGGGGTGTAACTATAGAGGAAGCAGATCTGGGGGCCTGATGGGTAACCGACTTATTCCTATAGTAATGATTTTGCTGTGGGGCCCAGTAACTTCTAATGAAGGGCCACGGCCAGATGCCCCCCCCAAATTTCCCAGTCCAGTTATTATGGGTATTTCCTGGTACTCGTGTATCAACTTCCTTTCTGGTGAATGAACGGCAGTCCAGTCTTACTTTATGGCACTGATTCTAGACACATCCAGCCCTTCCTCCCATATACAGGATTCTGTATTCATAGTAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAATTTTGGGGGGAAATTACTGAGAGTAGTGGCTACAGGGCTTGGCTTGAAAGTAGGAGGCGGAGCAGGAAAATATGCAAAATGGCTGGTAACCATAGCAACCAGGTAGTTTAAACGCCAGGCAGCTCAGAAACGGACAGAAATCAGTTTCCACCCCAAAAATAAAGGTCATTGGCGATTAAATAAAGTGTCCAAAAAAGAAAAACCCTACTTCCCCTCTCAATCAAAACCTTCCAGACTTGCATTCTTATTGCTGAACTATAACTCTCCTCTCCCGGCCAATGGGAGCTGCTGACAAGATTTAGGTCAAGTTGCCAGAACCTTGTTTTTTTTATATATATATATAATCTATTGCCCCCCGATATTTTCCTAACGACTGTTATTTTTATAGAGTTTTCTATTTAATAAACTGTTTATATAAATATATTTTGGGTCATGACGCGGGTTAATGAACCAGCTGGTTACTGGAATGGGCCGGGGGTACCCCCCACTAATCCTCTGCTTCGCTAATTACGTTATGTGCCAGCATGGAAGCCATACGAAGGGTTAATATTGGCTTGTGATGCTGAGTGTAACAAGTCGCCATTCATTGTGGCGGATATCTTGTTGCTAGGGTGCTGCTGACCTAGCAACCACACCGGGGTTAAACATAAGGATCAACACTAAGCTACATGAGAGTGCCATTGTTACTGTCCCTTTAAGGATTAAGCGTGTGGCCCCCAGGACCCCCGGCTCCTATTTCTGCTTTTCTATTGGCTCTCGCTCAGGGCAGGAGACTGGGACTTTGTTACGACTCTCACAGTGAAAGTGATGCCGTGTTTCTTGTGGGAAATTGGGGTGCAGTTGTGTTGTACAAAGTGCCGCAATAATCAGCCAATGTTCATGAGTCTTTATATGTAATAAATACACCGATGTTTCAAAA
                                                      consensus depths                               2     3     2     3     2     3     2     3     2     3     2     3     2     3     2     3     2     3     2     3     2     4     2     4     2     4     2     4     2     4     2     4     2     4     2     4     2     4     2     5     2     5     2     5     2     5     2     5     2     5     2     5     2     5     4     6     3     7     3     7     5     7     5     7     5     7     4     9     7    12     8    12     7    11     7    11     7    11     7    11     8    12     8    12     8    12     8    12     8    12     9    12     8    12     8    12     8    13     9    13     9    14     9    14    10    16    10    16    10    16    10    17    11    18    11    18    16    19    16    19    16    19    16    19    17    19    16    17    15    16    15    15    15    16    16    16    17    17    16    17    16    17    16    17    16    17    15    16    16    16    16    16    17    17    16    17    15    16    16    16    16    16    15    15    15    15    15    15    15    15    15    15    16    16    16    16    16    16    16    16    16    16    16    16    13    13    13    13    13    14    13    14    13    14    13    14    13    14    10    12    10    11     6     8     4     5     3     5     2     4
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  3   1   2       bld DMZ       in                         xl277p13.3p                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         TTCCAGACTTGCATTCTTATTGCTGAACTATAACTCTCCTCTCCCGGCCAATGGGAGCTGCTGACAAGATTTAGGTCAAGTTGCCAGAACCTTGTTTTTTTTATATATATATATAATCTATTGCCCCCCGATATTTTCCTAACGACTGTTATTTTTATAGAGTTTTCTATTTAATAAACTGTTTATATAAATATATTTTGGGTCATGACGCGGGTTAATGAACCAGCTGGTTACTGGAATGGGCCGGGGGTACCCCCCACTAATCCTCTGCTTCGCTAATTACGTTATGTGCCAGCATGGAAGCCATACGAAGGGTTAATATTGGCTTGTGATGCTGAGTGTAACAAGTCGCCATTCATTGTGGCGGATATCTTGTTGCTAGGGTGCTGCTGACCTAGCAACCACACCGGGGTTAAACATAAGGATCAACACTAAGCTACATGAGAGTGCCATTGTTACTGTCCCTTTAAGGATTAAGCGTGTGGCCCCCAGGACCCCCGGCTCCTATTTCTGCTTTTCTATTGGCTCTCGCTCAGGGCAGGAGACTGGGACTTTGTTACGACTCTCACAGTGAAAGTGATGCCGTGTTTCTTGTGGGAAATTGGGGTGCAGTTGTGTTGTACAAAGTGCCGCAATAATC
  3   1   2       bld EggS      in                    IMAGE:4785303.3p                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ACTATAACTTTCCCTTTCCCCGCCCAAGGGGAGCTGTGACAAGATTTAGGTCAAGTTCCCACAACCTTGTTTTTTTTTATATATATATATATATATATATATTCTATTGCCCCCCGATATTTTCCTAACGACTGTTATTTTTATAGAGTTTTCTATTTAATAACCTGTTTATATAAATATATTTTGGGTCATGACGCGGGTTAATGAACCAGCTGGTTACTGGAATGGGCCGGGGGTACCCCCCACTAATCCTCTGCTTCGCTAATTACGTTATGTGCCAGCATTTTATCCATACGAAGGGTTAATATTGGCTTGTGATGCTGAGTGTAACAAGTCGCCGTTCGTTGAAAAAAAAATCTTGTTGCTAGGGTGCTGCTGACCTAGCAACCACACCGGGGTTAAACATAAGGATCAACACTAAGCTACATGAGAGTGCCATTGTTACTGTCCCTTTAAGGATTAAGCGTGTGGCCCCCAGGACCCCCGGCTCCTATTTCTGCTTTTCTATTGGCTCTCGCTCAGGGCAGGAGACTGGGACTTTGTTACGACTCTCACAGTGAAAGTGATGCCGTGTTTCTTGTGGGAAATTGGGGTGGGGAAAAGTTGTACAAAGTGCCGCAATAATCAGCCAATGTTCATGAGTCTTTATATTAGTAAATACACCGATTTTCAAAAAAAATAATGGAAA
  3   1   2       bld Ga12      in                         XL172b22.3p                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TCCCGGCCAATGGGAGCTGCTGACAAGATTTAGGTCAAGTTGCCACAACCTTGTTTTTTTTTATATATATATAATCTATTGCCCCCCGATATTTTCCTAACGACTGTTATTTTTATAGAGTTTTCTATTTAATAAACTGTTTATATAAATATATTTTGGGTCATGACGCGGGTTAATGAACCAGCTGGTTACTGGAATGGGCCGGGGGTACCCCCCACTAATCCTCTGCTTCGCTAATTACGTTATGTGCCAGCATGGAAGCCATACGAAGGGTTAATATTGGCTTGTGATGCTGAGTGTAACAAGTCGCCATTCATTGTGGCGGATATCTTGTTGCTAGGGTGCTGCTGACCTAGCAACCACACCGGGGTTAAACATAAGGATCAACACTAAGCTACATGAGAGTGCCATTGTTACTGTCCCTTTAAGGATTAAGCGTGTGGCCCCCAGGACCCCCGGCTCCTATTTCTGCTTTTCTATTGGCTCTCGCTCAGGGCAGGAGACTGGGACTTTGTTACGACTCTCACAGTGAAAGTGATGCCGTGTTTCTTGTGGGAAATTGGGGTGCAGTTGTGTTGTACAAAGTGCCGCAAAATCAGCCAATGTTCAT
  3   1   2       bld Neu7                                 XL036b05.3p                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     CGGCCAATGGGAGCTGCTGACAAGATTTAGGTCAAGTTGCCAGAACCTTGTTTTTTTTATATATATATATAATCTATTGCCCCCCGATATTTTCCTAACGACTGTTATTTTTATAGAGTTTTCTATTTAATAAACTGTTTATATAAATATATTTTGGGTCATGACGCGGGTTAATGAACCAGCTGGTTACTGGAATGGGCCGGGGGTACCCCCCACTAATCCTCTGCTTCGCTAATTACGTTATGTGCCAGCATGGAAGCCATACGAAGGGTTAATATTGGCTTGTGATGCTGAGTGTAACAAGTCGCCATTCATTGTGGCGGATATCTTGTTGCTAGGGTGCTGCTGACCTAGCAACCACACCGGGGTTAAACATAAGGATCAACACTAAGCTACATGAGAGTGCCATTGTTACTGTCCCTTTAAGGATTAAGCGTGTGGCCCCCAGGACCCCCGGCTCCTATTTCTGCTTTTCTATTGGCTCTCGCTCAGGGCAGGAGACTGGGACTTTGTTACGACTCTCACAGTGAAAGTGATGCCGTGTTACTTGTGGGAAATTGGGGTGCAGTTGTGTTGTACAAAGTGCCGCAATAATCAGCCAATGTTCACGAGTCTTTATATGTAATAAATACACCGA
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