Gurdon Institute Xenopus laevis EST Database
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Application in use by Guest User - 25 Jun 2022 - database INFO-PUBLIC
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By Clone or Sequence Name
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Related Clusters
CS% VC Transcript Size Type Percent From To Identified Blast Description.
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This cluster: approximate FL confidence score = 95%
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Xl3.1-IMAGE:4930071.5 TTCGCTTCTCTCCCGGCTGGGCACGTGACGGGTTTTTTTTTCTGCAGCGGCGGACTTGGAGGGCACTGGTGTGCCGGGGAGGCTGAATCACTGTGATCATGGATCTGAAATGCTTTCTGTTAGTGACTCTTCTGGTGCTTGGTGTAGTAACAATAAATGCTCATGATCATCATGACCACGACCATCACGACCATGACCATCACGATCATGACCATGATGACGATAATGGGCTGGACATTGATGATGACCTAGAAGAGCCTGAAGAATTAAAGCCGGAGACCAGCATGCCGCCTCCTGCTCCCAAGGTGACTTACAAAGCCCCGGTCCCAACAGGAGAAGTCTATTTTTCAGAATCATTTGACAAAGGAAGTTTGGACGGGTGGATTCTCTCCAAGGCCAAGAAAGACGACACAGATGAAGAGATTGCCAAATATGATGGTAAATGGGAAGTCACAGAAATGAAAGATACAAAGCTCCCAGGGGACCTGGGCCTTGTCCTAATGTCACGTGCAAAACACCATGCAATTGCCGGCAAACTTCAGAAGCCCTTTGTCTTTGATAAGAAACCTTTAATTGTACAATATGAAGTTAGTTTTCAAAATGGAATTGAATGTGGGGGTGCATATGTGAAACTACTTTCCAAAACTCAAGAACAGAAACCGGAGCAGTTTCAAGATAAAACACCCTACACGATCATGTTTGGCCCTGACAAGTGTGGAGAGGATTACAAACTGCATTTTATTTTCCGGCACAAGAACCCAAAGACGGGTGAATATGAAAGAGAACATGCAAAACGACCAGATGCAGACCTAAAATCTTATTTTACAGATAAGAAAACTCATCTTTACACCC
Xl3.1-CHK-1012695524 TCTCTCCCGGCTGGGCACGTGACGGGTTTTTTTTTCTGCAGCGGCGGACTTGGAGGGCACTGGTGTGCCGGGGAGGCTGAATCACTGTGATCATGGATCTGAAATGCTTTCTGTTAGTGACTCTTCTGGTGCTTGGTGTAGTAACAATAAATGCTCATGATCATCATGACCACGACCATCACGACCATGACCATCACGATCATGACCATGATGACGATAATGGGCTGGACATTGATGATGACCTAGAAGAGCCTGAAGAATTAAAGCCGGAGACCAGCATGCCGCCTCCTGCTCCCAAGGTGACTTACAAAGCCCCGGTCCCAACAGGAGAAGTCTATTTTTCAGAATCATTTGACAAAGGAAGTTTGGACGGGTGGATTCTCTCCAAGGCCAAGAAAGACGACACAGATGAAGAGATTGCCAAATATGATGGTAAATGGGAAGTCACAGAAATGAAAGATACAAAGCTCCCAGGGGACCTGGGCCTTGTCCTAATGTCACGTGCAAAACACCATGCAATTGCCGGCAAACTTCAGAAGCCCTTTGTCTTTGATAAGAAACCTTTAATTGTACAATATGAAGTTAGTTTTCAAAATGGAATTGAATGTGGGGGTGCATATGTGAAACTACTTTCCAAAACTCAAGAACAGAAACCGGAGCAGTTTCAAGATAAAACACCCTACACGATCATGTTTGGCCCTGACAAGTGTGGAGAGGATTACAAACTGCATTTTATTTTCCGGCACAAGAACCCAAAGACGGGTGAATATGAAxxxxAACATGCAAAACGACCAGATGCAGACCTAAAATCTTATTTTACAGATAAGAAAACTCATCTTT
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BLH MPR 98 136
BLH OVR 98 25
CDS MIN 98 136
EST CLI -5 10
ORF LNG 98 1
PROTEIN --- Ce ---- 3e-047 NP_499176.1 calnexin (69.2 kD) (cnx-1) [Caenorhabditis elegans] ========================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
PROTEIN --- Dm ---- 2e-048 NP_001036767.1 Calnexin 99A CG11958-PD, isoform D [Drosophila melanogaster] ======================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
PROTEIN --- Ag ---- 4e-049 XP_313899.4 AGAP005032-PB [Anopheles gambiae str. PEST] ------------------------==========================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
PREDICTED = Sp ==== 3e-068 XP_001177910.1 PREDICTED: hypothetical protein [Strongylocentrotus purpuratus] ===================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
PROTEIN === Dr ==== 2e-088 NP_998613.1 zgc:63524 [Danio rerio] ==============================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
PROTEIN === ?? ==== 2e-092 ACB72403.1 calnexin alpha [Xenopus epitropicalis] ================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
PROTEIN === ?? ==== 2e-092 ACB72404.1 calnexin alpha [Xenopus (Silurana) sp. new tetraploid 1] ==============================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
PROTEIN --- Cf ==== 7e-103 NP_001003232.1 calnexin [Canis familiaris] ====================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
PROTEIN --- Bt ==== 6e-103 NP_001099082.1 calnexin [Bos taurus] ==========================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
PROTEIN --- Mm ==== 2e-104 NP_001103970.1 calnexin [Mus musculus] ========================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
PROTEIN --- Hs ==== 4e-106 NP_001019820.1 calnexin precursor [Homo sapiens] ==============================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
PROTEIN === Gg ==== 2e-107 NP_001025791.1 calnexin [Gallus gallus] ====================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
PROTEIN === Xt ==== 3e-135 CAJ82368.1 calnexin [Xenopus tropicalis] =========================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
PROTEIN === Xl ==== 3e-151 NP_001080326.1 calnexin [Xenopus laevis] =========================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
Xl3.1-IMAGE:4930071.5 TGA------------ATG---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ATG---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ATG---------------------------------------ATG------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ATG
ORF [ open reading frame ...
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In case of problems mail me! (mike.gilchrist@crick.ac.uk)