Gurdon Institute Xenopus laevis EST Database

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+ Application in use by Guest User - 24 Jan 2022 - database INFO-PUBLIC =
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 Related Clusters

         CS%  VC Transcript                               Size Type    Links    % In    % Out     Identified Blast Description.
     1   2.0    0Xl3.1-IMAGE:7975216.3                       6 END     3          27       50                Xwnt-8 protein [Xenopus laevis]

 This cluster: approximate FL confidence score = 93%

 1012774051 Xl3.1-xl269m24.5 - 11 ESTs
                                                                       ........-190......-180......-170......-160......-150......-140......-130......-120......-110......-100......-90.......-80.......-70.......-60.......-50.......-40.......-30.......-20.......-10.......0.........10........20........30........40........50........60........70........80........90........100.......110.......120.......130.......140.......150.......160.......170.......180.......190.......200.......210.......220.......230.......240.......250.......260.......270.......280.......290.......300.......310.......320.......330.......340.......350.......360.......370.......380.......390.......400.......410.......420.......430.......440.......450.......460.......470.......480.......490.......500.......510.......520.......530.......540.......550.......560.......570.......580.......590.......600.......610.......620.......630.......640.......650.......660.......670.......680.......690.......700.......710.......720.......730.......740.......750.......760.......770.......780.......790.......800.......810.......820.......830.......840.......850.......860.......870.......880.......890.......900.......910.......920.......930.......940.......950.......960.......970.......980.......990.......1000......1010......1020......1030......1040......1050......1060......1070......1080......1090......1100......1110......1120......1130......1140......1150......1160......1170......1180......1190......1200
 ?   ?   ?    ?    ?     ?    ?   ? 
                                                      Xl3.1-xl269m24.5                                                                                                                                                                                                       AGCATTACCCCGGATAGCAGCCTTCATCATGCAAAACACCACTTTGTTCATCCTTGCAACTCTTCTGATCTTCTGCCCATTCTTCACTGCCTCAGCATGGTCAGTCAATAACTTTCTGATGACAGGACCCAAGGCATATCTGACATACTCAGCGAGTGTTGCCGTGGGTGCGCAGAATGGAATTGAGGAGTGTAAATATCAGTTTGCGTGGGAAAGATGGAATTGCCCTGAAAGTACCCTGCAGCTTGCTACCCACAATGGACTTCGAAGTGCAACCAGAGAAACCTCCTTTGTGCATGCCATTAGCTCAGCGGGAGTTATGTATACACTGACGAGAAACTGCAGCATGGGGGACTTTGATAACTGTGGATGTGATGACTCCAGAAATGGCCGCATCGGTGGCCGAGGCTGGGTATGGGGCGGCTGCAGTGATAATGCAGAATTTGGTGAGCGGATCTCTAAACTATTCGTCGATGGCTTGGAGACGGGACAAGATGCCAGAGCCCTAATGAACTTGCATAACAATGAAGCAGGAAGACTTGCAGTGAAAGAGACAATGAAAAGGACTTGCAAGTGCCATGGAATATCTGGAAGTTGCAGCATACAAACTTGCTGGCTTCAGCTGGCCGAGTTTCGGGATATTGGCAATCACTTAAAGATCAAGCACGACCAAGCGCTAAAGCTTGAGATGGACAAGAGGAAAATGAGGTCGGGTAACAGTGCTGACAACAGAGGAGCCATCGCTGATGCCTTCAG
                                                  Xl3.1-CHK-1012694442                                                                                                                                                                                                             ACCCCGGATAGCAGCCTTCATCATGCAAAACACCACTTTGTTCATCCTTGCAACTCTTCTGATCTTCTGCCCATTCTTCACTGCCTCAGCATGGTCAGTCAATAACTTTCTGATGACAGGACCCAAGGCATATCTGACATACTCAGCGAGTGTTGCCGTGGGTGCGCAGAATGGAATTGAGGAGTGTAAATATCAGTTTGCGTGGGAAAGATGGAATTGCCCTGAAAGTACCCTGCAGCTTGCTACCCACAATGGACTTCGAAGTGCAACCAGAGAAACCTCCTTTGTGCATGCCATTAGCTCAGCGGGAGTTATGTATACACTGACGAGAAACTGCAGCATGGGGGACTTTGATAACTGTGGATGTGATGACTCCAGAAATGGCCGCATCGGTGGCCGAGGCTGGGTATGGGGCGGCTGCAGTGATAATGCAGAATTTGGTGAGCGGATCTCTAAACTATTCGTCGATGGCTTGGAGACGGGACAAGATGCCAGAGCCCTAATGAACTTGCATAACAATGAAGCAGGAAGACTTGCAGTGAAAGAGACAATGAAAAGGACTTGCAAGTGCCATGGAATATCTGGAAGTTGCAGCATACAAACTTGCTGGCTTCAGCTGGCCGAGTTTCGGGATATTGGCAATCACTTAAAGATCAAGCACGACCAAGCGCTAAAGCTTGAGATGGACAAGAGGAAAATGAGGTCGGGTAACAGTGCTGACAACAGAGGAGCCATCGCTGATGC
                                                      consensus depths                                                                                                                                                                                                            5     6     5     7     7     8     8     9     8     9     8     9     8     9     8     9     9     9     9     9     9     9     9     9     9     9     9     9     9     9     9     9     9     9     9     9     9     9     9     9     9     9     9     9     9     9     9     9     9     9     9     9     9     9     9     9     9     9     9     9     9     9     9     9     9     9     7     8     8     8     9     9     9     9     9     9    10    10    10    10    10    10    10    10    10    10    10    10     9     9     9     9     8     9     9     9     8     9     8     9     7     9     7     9     6     8     5     8     4     7     4     7     3     7     2     6     2     6     2     6     2     5     2     5     2     5
                                               BLH ATG      28     682                                                                                                                                                                                                       
                                               BLH MIN      28     126                                                                                                                                                                                                       
                                               BLH OVR      28      67                                                                                                                                                                                                       
                                               EST CLI      -7      51                                                                                                                                                                                                       
                                               ORF LNG      28       2                                                                                                                                                                                                       
                                                                                                                                                                                                                              PROTEIN --- Ce ---- 6e-041     NP_501822.1 C. elegans WNT family CWN-2 (40.4 kD) (cwn-2) [Caenorhabditis elegans] ---------------------------------------------------------------------------------------==================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      PROTEIN --- Dm ---- 2e-042     NP_723268.1 wingless CG4889-PB [Drosophila melanogaster] -----=============================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 PROTEIN === Ci ==== 4e-044     NP_001122331.1 wingless-type MMTV integration site family, member 3 [Ciona intestinalis] =============================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
                                                                                                                                                                                                                                       PREDICTED - ?? ---- 1e-046     XP_603482.4 PREDICTED: similar to wingless-type MMTV integration site family, member 7B [Bos taurus] ---------------------------------------------------------------======================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
                                                                                                                                                                                                                                                                                          PROTEIN --- Sp ---- 1e-066     NP_999832.1 Wnt8 protein [Strongylocentrotus purpuratus] ========================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
                                                                                                                                                                                                                                                                                                               PROTEIN --- Mm ---= 3e-104     NP_035850.1 wingless related MMTV integration site 8b [Mus musculus] ============================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
                                                                                                                                                                                                                                                                                                            PREDICTED - Bt ---- 2e-109     XP_592239.2 PREDICTED: similar to wingless-type MMTV integration site family, member 8A isoform 2 precursor [Bos taurus] ===========================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
                                                                                                                                                                                                                                                                                                               PREDICTED = Cf ==== 2e-109     XP_538646.1 PREDICTED: similar to wingless-type MMTV integration site family, member 8A isoform 1 precursor [Canis familiaris] ==================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
                                                                                                                                                                                                                                                                                                               PROTEIN -== Hs ==== 1e-111     NP_490645.1 wingless-type MMTV integration site family, member 8A isoform 2 precursor; WNT8dprecursor [Homo sapiens] ============================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
                                                                                                                                                                                                                                                                                                         PROTEIN === Dr ==== 5e-113     NP_571021.2 wingless-type MMTV integration site family, member 8a [Danio rerio] =======================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
                                                                                                                                                                                                                                                                                                         PROTEIN === Gg ==== 3e-117     NP_990862.1 Wnt-8C [Gallus gallus] ====================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
                                                                                                                                                                                                                                                                                                         PROTEIN === Xt ==== 3e-141     CAJ82989.1 wingless-type MMTV integration site family, member 8B [Xenopus tropicalis] =================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
                                                                                                                                                                                                                                                                                                         PROTEIN === Xl ==== 7e-144     NP_001081637.1 Wnt-1/int-1-related [Xenopus laevis] ===================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
                                                      Xl3.1-xl269m24.5                                                                                                                                                                                                                                   ATG---------------------------------------------------------------------------------------ATG------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ATG------------------------ATG---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ATG---------------------------------------------ATG---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ATG------------ATG
                                                                   ORF                                                                                                                                                                                                                                   ... open reading frame                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ...
  5   1   2       bld Emb1                            IMAGE:5156763.5p CCACGCGTCCGGCTGAGGATACTGTTCAAGCATTACCCCGGATAGCAGCCTTCATCATGCAAAACACCACTTTGTTCATCCTTGCAACTCTTCTGATCTTCTGCCCATTCTTCACCGCCTCAGCATGGTAAGtatatatattatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatttataggtataattttttttttttttAAATTATCAATGGCATAGTCCAGAAAAGTCTCAATAATCTGCCTTCTATTTTTGTTTACAGGTCAGTCAATAACTTTCTGATGACAGGACCCAAGGCATATCTGACATACTCAGCGAGTGTTGCCGTGGGTGCGCAGAATGGAATTGAGGAGTGTAAATATCAGTTTGCGTGGGAAAGATGGAATTGCCCTGAAAGTACCCTGCAGCTTGCTACCCACAATGGACTTCGAAGTGCAACCAGAGAAACCTCCTTTGTGCATGCCATTAGCTCAGCGGGAGTTATGTATACACTGACGAGAAACTGCAGCATGGGGGACTTTGATAACTGTGGATGTGATGACTCCAGAAATGGCCGCATCGGTGGCCGAGGCTGGGTATGGGGCGGCTGCAGTGATAATGCAGAATTTGGTGAGCGGATCTCTAAACTATTCGTCGATGGCTTGGAGACGGGACAAGATGCCAGAGCCCTAATGAACTTGCATAACAATGAAGCCGGAAGACTTGCCGTGAAAGAGAACATGGAAAAGACTTGCCAGTGCCATGGAAATATCTGGAAGTTGCAGCATACAAACTTGGCTGGCTTCAGCTGGGCCGAGTTCCGGGATATTGGGCAATCCCTTAAAAGACCAGGCCCCACCAAGGCGCTAAAGCTTGGAGATGGCCACCGGGGAAAAGGGGGCCCGGCCAA
  5   1   2       bld Em10 5g                         IMAGE:8320852.5p                                                                                                                                                                               TTCATTTGCTGAGGATACTGTTCAAGCATTACCCCGGATAGCAGCCTTCATCATGCAAAACACCACTTTGTTCATCCTTGCAACTCTTCTGATCTTCTGCCCATTCTTCACTGCCTCAGCATGGTCAGTCAATAACTTTCTGATGACAGGACCCAAGGCATATCTGACATACTCAGCGAGTGTTGCCGTGGGTGCGCAGAATGGAATTGAGGAGTGTAAATATCAGTTTGCGTGGGAAAGATGGAATTGCCCTGAAAGTACCCTGCAGCTTGCTACCCACAATGGACTTCGAAGTGCAACCAGAGAAACCTCCTTTGTGCATGCCATTAGCTCAGCGGGAGTTATGTATACACTGACGAGAAACTGCAGCATGGGGGACTTTGATAACTGTGGATGTGATGACTCCAGAAATGGCCGCATCGGTGGCCGAGGCTGGGTATGGGGCGGCTGCAGTGATAATGCAGAATTTGGTGAGCGGATCTCTAAACTATTCGTCGATGGCTTGGAGACGGGACAAGATGCCAGAGCCCTAATGAACTTGCATAACAATGAAGCAGGAAGACTTGCAGTGAAAGAGACAATGAAAAGGACTTGCAAGTGCCATGGAATATCTGGAAGTTGCAGCATACAACTTGCTGGCTTCAGCTGGCCGAGTTTCGGATATTGGCATCACTTAAAGATCAGCACGACCAGCGCTAAGCTGAGATGGACAGAGAAATGAGTCGGGTACATGCTGACACAAGAGCACGCTGATGCTCATTCGTGGCGGTCGACTATTTCCGAGATCCC
  5   1   2      seed Emb3 5g                IMAGE:3399777-IMAGp.IMAGp                                                                                                                                                                                                CTGTTCAAGCATTACCCCGGATAGCAGCCTTCATCATGCAAAACACCACTTTGTTCATCCTTGCAACTCTTCTGATCTTCTGCCCATTCTTCACTGCCTCAGCATGGTCAGTCAATAACTTTCTGATGACAGGACCCAAGGCATATCTGACATACTCAGCGAGTGTTGCCGTGGGTGCGCAGAATGGAATTGAGGAGTGTAAATATCAGTTTGCGTGGGAAAGATGGAATTGCCCTGAAAGTACCCTGCAGCTTGCTACCCACAATGGACTTCGAAGTGCAACCAGAGAAACCTCCTTTGTGCATGCCATTAGCTCAGCGGGAGTTATGTATACACTGACGAGAAACTGCAGCATGGGGGACTTTGATAACTGTGGATGTGATGACTCCAGAAATGGCCGCATCGGTGGCCGAGGCTGGGTATGGGGCGGCTGCAGTGATAATGCAGAATTTGGTGAGCGGATCTCTAAACTATTCGTCGATGGCTTGGAGACGGGACAAGATGCCAGAGCCCTAATGAACTTGCATAACAATGAAGCAGGAAGACTTGCAGTGAAAGAGACAATGAAAAGGACTTGCAAGTGCCATGGAATATCTGGAAGTTGCAGCATACAAACTTGCTGGCTTCAGCTGGCCGAGTTTCGGGATATTGGGCA
  5   1   2       bld DMZ  5g3  out                        xl269m24.5p                                                                                                                                                                                                 TGTTCAAGCATTACCCCGGATAGCAGCCTTCATCATGCAAAACACCACTTTGTTCATCCTTGCAACTCTTCTGATCTTCTGCCCATTCTTCACTGCCTCAGCATGGTCAGTCAATAACTTTCTGATGACAGGACCCAAGGCATATCTGACATACTCAGCGAGTGTTGCCGTGGGTGCGCAGAATGGAATTGAGGAGTGTAAATATCAGTTTGCGTGGGAAAGATGGAATTGCCCTGAAAGTACCCTGCAGCTTGCTACCCACAATGGACTCCGAAGTGCAACCAGAGAAACCTCCTTTGTGCATGCCATTAGCTCAGCGGGAGTTATGTATACACTGACGAGAAACTGCAGCATGGGGGACTTTGATAACTGTGGATGTGATGACTCCAGAAATGGCCGCATCGGTGGCCGAGGCTGGGTATGGGGCGGCTGCAGTGATAATGCAGAATTTGGTGAGCGGATCTCTAAACTATTCGTCGATGGCTTGGAGACGGGACAAGATGCCAGAGCCCTAATGAACTTGCATAACAATGAAGCAGGAAGACTTGCAGTGAAAGAGACAATGAAAAGGACTTGCAAGTGCCATGGAATATCTGGAAGTTGCAGCATACAAACTTGCTGGCTTCAGCTGGCCGAGTTTCGGGATATTGGCAATCACTTAAAGATCAAGCACGACCAAGCGCTAAAGCTTGA
  5   1   2       bld DMZ  5g3  out                        xl340a22.5p                                                                                                                                                                                                 TGTTCAAGCATTACCCCGGATAGCAGCCTTCATCATGCAAAACACCACTTTGTTCATCCTTGCAACTCTTCTGATCTTCTGCCCATTCTTCACTGCCTCAGCATGGTCAGTCAATAACTTTCTGATGACAGGACCCAAGGCATATCTGACATACTCAGCGAGTGTTGCCGTGGGTGCGCAGAATGGAATTGAGGAGTGTAAATATCAGTTTGCGTGGGAAAGATGGAATTGCCCTGAAAGTACCCTGCAGCTTGCTACCCACAATGGACTCCGAAGTGCAACCAGAGAAACCTCCTTTGTGCATGCCATTAGCTCAGCGGGAGTTATGTATACACTGACGAGAAACTGCAGCATGGGGGACTTTGATAACTGTGGATGTGATGACTCCAGAAATGGCCGCATCGNTGGCCGAGGCTGGGTATGGGGCGGCTGCAGTGATAATGCAGAATTTGGTGAGCGGATCTCTAAACTATTCGTCGATGGCTTGGAGACGGGACAAGATGCCAGAGCCCTAATGAACTTGCATAACAATGAAGCAGGAAGACTTGCAGTGAAAGAGACAATGAAAAGGACTTGCAAGTGCCATGGAATATCTGGAAGTTGCAGCATACAAACTTGCTGGCTTCAGCT
  5   1   2       bld Emb3 5g                         IMAGE:3399777.5p                                                                                                                                                                                                  GTTCAAGCATTACCCCGGATAGCAGCCTTCATCATGCAAAACACCACTTTGTTCATCCTTGCAACTCTTCTGATCTTCTGCCCATTCTTCACTGCCTCAGCATGGTCAGTCAATAACTTTCTGATGACAGGACCCAAGGCATATCTGACATACTCAGCGAGTGTTGCCGTGGGTGCGCAGAATGGAATTGAGGAGTGTAAATATCAGTTTGCGTGGGAAAGATGGAATTGCCCTGAAAGTACCCTGCAGCTTGCTACCCACAATGGACTTCGAAGTGCAACCAGAGAAACCTCCTTTGTGCATGCCATTAGCTCAGCGGGAGTTATGTATACACTGACGAGAAACTGCAGCATGGGGGACTTTGATAACTGTGGATGTGATGACTCCAGAAATGGCCGCATCGGTGGCC
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