Gurdon Institute Xenopus laevis EST Database
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Application in use by Guest User - 11 Apr 2021 - database INFO-PUBLIC
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By Clone or Sequence Name
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Related Clusters
CS% VC Transcript Size Type Links % In % Out Identified Blast Description.
1 2.0 0Xl3.1-rxlk76g21ex.3 3 END 2 28 66 (no blast hit)
CS% VC Transcript Size Type Percent From To Identified Blast Description.
2 0.0 0Xl3.1-XL515o10ex.5 2 PI 91 579 954 Foxn3 protein [Xenopus tropicalis]
This cluster: approximate FL confidence score = 0%
1012784520 Xl3.1-rxlk155c11ex.3 - 7 ESTs
-1000.....-990......-980......-970......-960......-950......-940......-930......-920......-910......-900......-890......-880......-870......-860......-850......-840......-830......-820......-810......-800......-790......-780......-770......-760......-750......-740......-730......-720......-710......-700......-690......-680......-670......-660......-650......-640......-630......-620......-610......-600......-590......-580......-570......-560......-550......-540......-530......-520......-510......-500......-490......-480......-470......-460......-450......-440......-430......-420......-410......-400......-390......-380......-370......-360......-350......-340......-330......-320......-310......-300......-290......-280......-270......-260......-250......-240......-230......-220......-210......-200......-190......-180......-170......-160......-150......-140......-130......-120......-110......-100......-90.......-80.......-70.......-60.......-50.......-40.......-30.......-20.......-10.......0.........10........20........30........40........50........60........70........80........90........100.......110.......120.......130.......140.......150.......160.......170.......180.......190.......200.......210.......220.......230.......240.......250.......260.......270.......280.......290.......300.......310.......320.......330.......340.......350.......360.......370.......380.......390.......400.......410.......420.......430.......440.......450.......460.......470.......480.......490.......500.......510.......520.......530.......540.......550.......560.......570.......580.......590.......600.......610.......620.......630.......640.......650.......660.......670.......680.......690.......700.......710.......720.......730.......740.......750.......760.......770.......780.......790.......800.......810.......820.......830.......840.......850.......860.......870.......880.......890.......900.......910.......920.......930.......940.......950.......960.......970.......980.......990.......1000......1010......1020....
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Xl3.1-rxlk155c11ex.3 GTGGTGCATAGATCCTGAATATAGACAAAACCTGATACAAGCCTTGAAAAAGACCCCCTATCATCCCTACTCACATGTTTTCAACACCCCACCCACATCTCCTCAGGCATATCAAAGCACATCAGTCCCACCCCTTTGGCCAGGAAGCACCTTCTTTAAGAAAAATGGAGCCTTACTTCAAGTTTCTCCGGGTGTGATACAAAATGGAGCCAGAGTGTTGAACAGAGGAATCTTCCCAGGTGTCCGACCTTTGCCAATTAATCCTATTGGAGCAATGGCTGCCTCAGTCAGAAATGGGATTGCAAATTGCCGAACGAGAATGGAGAGTGAGCCGTCGTGTGGATCTCCCTTAGTTAGCAGTGATCCCAAAGATGACCACAACTACAGCAGCGCCAAATCTGCTAACAAGAGGAGCTCATCGCCCAGTGACTCCATCTCATCCTCCTCTGCCGACGATCACTACGAATTTGCAGCCAAAGTCTGCAGAGAAGGCAGTGATATCAGCTTCCAGAGCCACGAGAGCTTCAGCGAGACAGAGGAAGAGGACAAGAAACAGATAAAGAAAGAGTTGAAGGAGCCCCTTGTTGAGAGTGGCTACTCTTCCCAACACAAGAAAAAGCAGCATTTACTAAAACTTCGGAGGATCCCCAGTGATGCCCTTCCTCTGAAAAAGAGACGCACAGAAAAACCACCTGAGAGTGATGATGAAGAGATGAAAGAGGCAGCTGGGTCTCTCTTGCATTTGGCAGGAATTCGCTCTTGTTTGAATAACATCACCAATCGGACGGCAAAGGGACAGAAAGAGCAAAAGGACAAAGAGACCACAAAAAATTAGTGCAAATCATAGATCTGTTTGGATTTTAAAATCATTTCTTTCAGCACGTCAGGTGAATTCTAATGATTTTGTGGCAATAGCAACATTTTTCCCCTTTATTTTTATTTTGGTGTTTCTTTTGGACCCTTGAAATGTTTATTTTTTAAAGG
Xl3.1-CHK-1012700676 CATAGATCCTGAATATAGACAAAACCTGATACAAGCCTTGAAAAAGACCCCCTATCATCCCTACTCACATGTTTTCAACACCCCACCCACATCTCCTCAGGCATATCAAAGCACATCAGTCCCACCCCTTTGGCCAGGAAGCACCTTCTTTAAGAAAAATGGAGCCTTACTTCAAGTTTCTCCGGGTGTGATACAAAATGGAGCCAGAGTGTTGAACAGAGGAATCTTCCCAGGTGTCCGACCTTTGCCAATTAATCCTATTGGAGCAATGGCTGCCTCAGTCAGAAATGGGATTGCAAATTGCCGAACGAGAATGGAGAGTGAGCCGTCGTGTGGATCTCCCTTAGTTAGCAGTGATCCCAAAGATGACCACAACTACAGCAGCGCCAAATCTGCTAACAAGAGGAGCTCATCGCCCAGTGACTCCATCTCATCCTCCTCTGCCGACGATCACTACGAATTTGCAGCCAAAGTCTGCAGAGAAGGCAGTGATATCAGCTTCCAGAGCCACGAGAGCTTCAGCGAGACAGAGGAAGAGGACAAGAAACAGATAAAGAAAGAGTTGAAGGAGCCCCTTGTTGAGAGTGGCTACTCTTCCCAACACAAGAAAAAGCAGCATTTACTAAAACTTCGGAGGATCCCCAGTGATGCCCTTCCTCTGAAAAAGAGACGCACAGAAAAACCACCTGAGAGTGATGATGAAGAGATGAAAGAGGCAGCTGGGTCTCTCTTGCATTTGGCAGGAATTCGCTCTTGTTTGAATAACATCACCAATCGGACGGCAAAGGGACAGAAAGAGCAAAAGGACAAAGAGACCACAAAAAATTAGTGCAAATCATAGATCTGTTTGGATTTTAAAATCATTTCTTTCAGCACGTCAGGTGAATTCTAATGATTTTGTGGCAATAGCAACATTTTTCCCCTTTATTTTTATTTTGGTGTTTCTTTTGGACCCTTGAAATGTTTATTTTTTAAAGGAGATTG
consensus depths 2 3 2 4 2 4 2 4 2 4 2 4 2 6 3 6 3 6 3 6 3 6 3 6 3 6 3 6 3 6 5 6 5 6 5 6 5 6 5 6 5 6 5 6 5 6 5 6 5 6 5 6 5 6 5 6 5 6 5 6 5 6 5 6 4 6 4 6 4 6 5 6 5 6 5 6 5 6 5 6 5 6 5 6 5 6 5 6 6 7 6 7 6 7 6 7 6 7 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 4 5 4 5 4 5 4 5 4 5 3 5 3 4 3 4 3 4 3 4 2 4 2 4 2 4 2 4 2 4 2 4 2 4 3 4 3 4 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2
PREDICTED - Sp ---- 2e-009 XP_001182399.1 PREDICTED: similar to forkhead transcription factor N2/3 [Strongylocentrotus purpuratus] ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------============================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
...PROTEIN --- Ci ---- 1e-014 NP_001071716.1 transcription factor protein [Ciona intestinalis] -----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------=========================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
PREDICTED - Bt ---- 1e-031 XP_600009.2 PREDICTED: similar to T-cell leukemia virus enhancer factor [Bos taurus] ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------===================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
PROTEIN --- Dr ---- 3e-043 NP_001116217.1 checkpoint suppressor 1 [Danio rerio] ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------=========================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
PROTEIN --- Mm ---- 1e-118 NP_899009.2 checkpoint suppressor 1 [Mus musculus] --------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------===============================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
PROTEIN --- Hs ---- 7e-125 NP_005188.2 checkpoint suppressor 1 [Homo sapiens] --------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------===============================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
PREDICTED - Cf ---- 3e-127 XP_868437.1 PREDICTED: similar to checkpoint suppressor 1 isoform 2 [Canis familiaris] --------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------===============================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
PREDICTED - Gg ---- 1e-133 XP_421312.2 PREDICTED: similar to Checkpoint suppressor 1 [Gallus gallus] ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------===============================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
PROTEIN --- Xt ---- 3e-158 AAI60425.1 Foxn3 protein [Xenopus tropicalis] ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------===============================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
PROTEIN --- Xl ---- 4e-159 CAJ38820.1 forkhead box protein FoxN3b [Xenopus laevis] ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------===============================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
Xl3.1-rxlk155c11ex.3 ATG------------------------------------------ATG------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ATG---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TAG---------TAG------------------------------------------------TAATGA
ORF ... open reading frame ]
3 1 2 skin Ga18 rxlk155c11ex.3p CNNNANNNAANNNTTNANNAAANTNGATNAANNCAGAANNCAGANCATNGGCAAANNTTCNCTNNNGNGCANAGNNCCNNNNATAGACAAAACCTGATACAANCNNTGAAAAAAGNCCCCCTATCATCCCNACTCACATNTTTTCAACNNCCNCCCACNTCTCCTNAGGCATATCAAAGCACATCAGTCCCAACCCTTTGNNCAGGAAGNNNCTTCTTTAAGAAAAATGGANNCTTNCTTCAANTTTCNCCGGGTGTGATACAAAATGGAGCCAGAGTGTTGAACAGAGGAATCTTCCCAGGTGTCCGACCTTTGCCAATTAATCCTATTGGANNAATGGCTGCCTCAGTCAGAAATGGGATTGCAAATTGCCGAACGAGAATGGAGAGTGAGCCGTCGTGTGGATCTCCCTTAGTTAGCAGTGATCCCAAAGATGACCACAACTACANNAGCGCCAAATCTGCTAACAAGAGNNNNNATCGCCCAGTGACTCCATCTCATCCTCCTCTGCCGACGATCACTACGAATTTGCAGCCAAAGTCTGCAGAGAAGGCAGTGATATCAGCTTCCAGAGCCACGAGAGCTTCAGCGAGACAGAGGAAGAGGACAAGAAACAGATAAAGAAAGAGTTGAAGGAGCCCCTTGTTGAGAGTGGCTACTCTTCCCAACACAAGAAAAAGCAGCATTTACTAAAACTTCGGAGGATCCCCAGTGATGCCCTTCCTCTGAAAAAGAGACGCACAGAAAAACCACCTGAGAGTGATGATGAAGAGATGAAAGAGGCAGCTGGGTCTCTCTTGCATTTGGCAGGAATTCGCTCTTGTTTGAATAACATCACCAATCGGACGGCAAAGGGACAGAAAGAGCAAAAGGACAAAGAGACCACAAAAAATTAGTGCAAATCATAGATCTGTTTGGATTTTAAAATCATTTCTTTCAGCACGTCAGGTGAATTCTAATGATTTTGTGGCAATAGCAACATTTTTCCCCTTTATTTTTATTTTGGTGTTTCTTTTGGACCCTTGAAATGTTTATTTTTTAAAGGAGATTGAANCCATAGNACTCANCT
5 1 2 seed FaBN IMAGE:8076624.5p CAAAGGTTCTCTGTGGTGCATAGATCCTGAATATAGACAAAACCTGATACAAGCCTTGAAAAAGACCCCCTATCATCCCTACTCACATGTTTTCAACACCCCACCCACATCTCCTCAGGCATATCAAAGCACATCAGTCCCACCCCTTTGGCCAGGAAGCACCTTCTTTAAGAAAAATGGAGCCTTACTTCAAGTTTCTCCGGGTGTGATACAAAATGGAGCCAGAGTGTTGAACAGAGGAATCTTCCCAGGTGTCCGACCTTTGCCAATTAATCCTATTGGAGCAATGGCTGCCTCAGTCAGAAATGGGATTGCAAATTGCCGAACGAGAATGGAGAGTGAGCCGTCGTGTGGATCTCCCTTAGTTAGCAGTGATCCCAAAGATGACCACAACTACAGCAGCGCCAAATCTGCTAACAAGAGGAGCTCATCGCCCAGTGACTCCATCTCATCCTCCTCTGCCGACGATCACTACGAATTTGCAGCCAAAGTCTGCAGAGAAGGCAGTGATATCAGCTTCCAGAGCCACGAGAGCTTCAGCGAGACAGAGGAAGAGGACAAGAAACAGATAAAGAAAGAGTTGAAGGAGCCCCTTGTTGAGAGTGGCTACTCTTCCCAACACAAGAAAAAGCAGCATTTACTAAAACTTCGGAGATCCCCAGTGATGCCTTTCCTCTGAAAAAGAGACGCACAGAAAAACCACCTGAGAGTGATGATGAAGAGATGAAAGAGGCAGCT
5 1 2 bld Ga18 out xlk126a10ex.5p TTCTCTGTGGTGCATAGATCCTGAATATAGACAAAACCTGATACAAGCCTTGAAAAAGACCCCCTATCATCCCTACTCACATGTTTTCAACACCCCACCCACATCTCCTCAGGCATATCAAAGCACATCAGTCCCAACCCTTTGGCCAGGAAGCACCTTCTTTAAGAAAAATGGAGCCTTACTTCAAGTTTCTCCGGGTGTGATACAAAATGGAGCCAGAGTGTTGAACAGAGGAATCTTCCCAGGTGTCCGACCTTTGCCAATTAATCCTATTGGAGCAATGGCTGCCTCAGTCAGAAATGGGATTGCAAATTGCCGAACGAGAATGGAGAGTGAGCCGTCGTGTGGATCTCCCTTAGTTAGCAGTGATCCCAAAGATGACCACAACTACAGCAGNNNNAATCTGCTAACAAGAGGAGCTCATCGCCCAGTGACTCCATCTCATCCTCCTCTGCCGACGATCACTACGAATTTGCAGCCAAAGTCTGCAGAGAAGGCAGNGATATCAGCTTCCAGAGCCACGAGAGCTTCANNNNGACAGAGGAAGAGGACAAGAAACAGATAAAGAAAGAGTTGAAGGAGCCCCTTGTTGAGAG
5 1 2 bld Te2N in IMAGE:7203499.5p ATCACATAGCGGCTACAGTTGGCTCCCAGATTTTTCTTCAGAGATGTGCACATCAGTCCCACCCCTTTGGCCAGGAAGCACCTTCTTTAAGAAAAATGGAGCCTTACTTCAAGATCCCGACATTGATGCTGCTTCTGCCATGATGCTATTGAATTCTGCCCATGAGTTACAAGCAGGTTTTTCTCCGGGTGTGATACAAAATGGAGCCAGAGTGTTGAACAGAGGAATCTTCCCAGGTGTCCGACCTTTGCCAATTAATCCTATTGGAGCAATGGCTGCCTCAGTCAGAAATGGGATTGCAAATTGCCGAACGAGAATGGAGAGTGAGCCGTCGTGTGGATCTCCCTTAGTTAGCAGTGATCCCAAAGATGACCACAACTACAGCAGCGCCAAATCTGCTAACAAGAGGAGCTCATCGCCCAGTGACTCCATCTCATCCTCCTCTGCCGACGATCACTACGAATTTGCAGCCAAAGTCTGCAGAGAAGGCAGTGATATCAGCTTCCAGAGCCACGAGAGCTTCAGCGAGACAGAGGAAGAGGACAAGAAACAGATAAAGAAAGAGTTGAAGGAGCCCCTTGTTGAGAGTGGCTACTCTTCCCAACACAAGAAAAAGCAGCATTTACTAAAACTTCGGAGGATCCCCAGTGATGCCCTTCCTCTGAAAAAGAGACGCACAGAAAAACCACCTGAGAGTGATGATGAAGAGATGAAAGAGGCAGCTGGGTCTCTCTTGCATTTGGCAGGAATTCGCTCTTTGTTGATAACATCACCAATCGGACggcaaagggacagaaagagcaaaaggacaaagagacacaaaaaaatagtggcaattcaaaaatCGGTTTGGGATTTTAAAATCATTTTCTTTCANCaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa
3 1 2 bld Te2N in IMAGE:7203499.3p TGGNNCAGGAAGCACCTTCTTAAAGAAAAATGGAGCTNTACTCAAAGATNCCGACATTGAATGCTGCTTCTGCCATGATGCTATTGAATTCTGCCCATGAGTTACAAGCAGGTTTTTCTCCGGGTGTGATACAAAATGGAGCCAGAGTGTTGAACAGAGGAATCTTCCCAGGTGTCCGACCTTTGCCAATTAATCCTATTGGAGCAATGGCTGCCTCAGTCAGAAATGGGATTGCAAATTGCCGAACGAGAATGGAGAGTGAGCCGTCGTGTGGATCTCCCTTAGTTAGCAGTGATCCCAAAGATGACCACAACTACAGCAGCGCCAAATCTGCTAACAAGAGGAGCTCATCGCCCAGTGACTCCATCTCATCCTCCTCTGCCGACGATCACTACGAATTTGCAGCCAAAGTCTGCAGAGAAGGCAGTGATATCAGCTTCCAGAGCCACGAGAGCTTCAGCGAGACAGAGGAAGAGGACAAGAAACAGATAAAGAAAGAGTTGAAGGAGCCCCTTGTTGAGAGTGGCTACTCTTCCCAACACAAGAAAGAGCAGCATTTACTAAAACTTCGGAGGATCCCCAGTGATGCCCTTCCTCTGAAAAAGAGACGCACGAAAAAACCCCCTGAGAGTGATGATGAAAGAGATGAAAAGAGGCAGCTGGGTCTCTCTTGCTTTTGGCGGAAATTTCGCTCTTGTTTGAATAACTCCCACGATTCGGACGGCCTAAGGACCGTAAAGAGCCTAAAGAACTAAAAGACCCCCGAAAAATTGTGCACAATACTAGATCTGTGGATTAAATCTTCCCG
5 1 2 bld Tbd7 out XL086k15.5p CACATGTTTTGCAACACCCCACCCACATCTCCTCAGGCATATCAAAGCACATCAGTCCCACCCCTTTGGCCAGGAAGCACCTTCTTTAAGAAAAATGGAGCCTTACTTCAAGTTTCTCCGGGCGTGATACAAAATGGAGCCAGAGTGTTGAACAGAGGAATCTTCCCAGGTGTCCGACCTTTGCCAATTAATCCTATTGGAGCAATGGCTGCCTCAGTCAGAAATGGGATTGCAAATTGCCGAACGAGAATGGAGAGTGAGCCGTCGTGTGGATCTCCCTTAGTTAGCAGTGATCCCAAAGATGACCACAACTACAGCAGCGCCAAATCTGCTAACAAGAGGAGCTCATCGCCCAGTGACTCCATCTCATCCTCCTCTGCCGACGATCACTACGAATTTGCAGCCAAAGTCTGCAGAGAAGGCAGTGATATCAGCTTCCAGAGCCACGAGAGCTTCAGCGAGACAGAGGAAGAGGACAAGAAACAGATAAAGAAAGAGTTGAAGGAGCCCCTTGTTGAGAGTGGCT
3 1 2 bld Sp1 IMAGE:4962874.3p GAGAGCTTCAGCGAGACAGAGGAAGAGGACAAGAACCAGATAAAGAAAGAGTTGAAGGAGCCCCTTGTTGAGAGTGGCTACTCTTCCCAACACAAGAAAAAGCAGCATTTACTAAAACTTCGGAGGATCCCCAGTGATGCCCTTCCTCTGAAAAAGAGACGCACAGAAAAACCACCTGAGAGTGATGATGAAGAGATGAAAGAGGCAGCTGGGTCTCTCTTGCATTTGGCAGGAATTCGCTCTTGTTTGAATAACATCACCAATCGGACGGCAAAGGGACAGAAAGAGCAAAAGGACAAAGAGACCACAAAAAATTAGTGCAAATCATAGATCTGTTTGGATTTTAAAATCATTTCTTTCAGCACGTCAGGTGAATTCTAATGATTTTGTGGCAATAGCAACATTTTTCCCCTTTATTTTTATTTTGGTGTTTCTTTTGGACCCTTGAAATGTTTATTTTTTAAAGGAGATTGAAGCCATAGAACTCAGCTAACTAACATTTTCCTTTAAA
In case of problems mail me! (mike.gilchrist@crick.ac.uk)