Gurdon Institute Xenopus laevis EST Database
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Application in use by Guest User - 08 Aug 2022 - database INFO-PUBLIC
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By Clone or Sequence Name
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Related Clusters
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This cluster: approximate FL confidence score = 90%
1012786536 Xl3.1-IMAGE:8071175.5 - 6 ESTs
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Xl3.1-IMAGE:8071175.5 GGCAGTATTACAGGGACACAGCCAGGAGGAGCTCAGGGTGCTAAGAAGTGGAGTCTGCTCCTTAAGACAATGGTGATGCTACAATCACAGGCTGAGGAGCCTTGGATCCCGGCTAACTGCCTGCAATCAACATGGCAACTCCCAGTCTGGAGGCACAGCCTGCACCCTGTCTTACACCCAGCAGGCACATGAGAGGCATCGGGTTATGGCGCCGTCCTGCCGATTCCTGGGAAAATGAGCAAATGGAAAAGGGAATTCCATTGAAGCCTCGGCTATAGGAGCAGCGGAGGGGACAGAGCACGGAATTCCTTTTTTCCTATTGCACCGGGGAGGCCAGACCATGTGGAAAGTCAGCTGTTTGGTAACGGGATTCCTCCTCATCCTCACAGTCACCAGCACCCCCGCTGCAGAGCATTTGTACCGGACAGGGCGCAGGATCTGCTCGGCCGCTGGGCACCCTGGCACCGTGTCAGTTACTCAGTCCTTTGTCCAGCCGGTACACAGCCCTATTATGACTCTGTGTGAGGGGCATAGGATCTGCAGTACGTACAGAACGACCTACAAGGTTTCCTACCGTCAAGTCTCCAGGAGAACATCCTTCCCCCTTTACTCTTGCTGCCCCGGCTGGAGAAGAATCGGGGCGCAAACTCACAGTTGCGGCCAAGCTCTGTGCCGATTGCAATGTCAGAACGGAGGGACTTGCGTCAGGTCTAATAAGTGTGAATGTCCAGCTGGATGGAGAGGGATTCATTGCCAGATGTATGTGGACGAGTGCAGTGATGGCACCCATCA
Xl3.1-CHK-1012702623 ATTACAGGGACACAGCCAGGAGGAGCTCAGGGTGCTAAGAAGTGGAGTCTGCTCCTTAAGACAATGGTGATGCTACAATCACAGGCTGAGGAGCCTTGGATCCCGGCTAACTGCCTGCAATCAACATGGCAACTCCCAGTCTGGAGGCACAGCCTGCACCCTGTCTTACACCCAGCAGGCACATGAGAGGCATCGGGTTATGGCGCCGTCCTGCCGATTCCTGGGAAAATGAGCAAATGGAAAAGGGAATTCCATTGAAGCCTCGGCTATAGGAGCAGCGGAGGGGACAGAGCACGGAATTCCTTTTTTCCTATTGCACCGGGGAGGCCAGACCATGTGGAAAGTCAGCTGTTTGGTAACGGGATTCCTCCTCATCCTCACAGTCACCAGCACCCCCGCTGCAGAGCATTTGTACCGGACAGGGCGCAGGATCTGCTCGGCCGCTGGGCACCCTGGCACCGTGTCAGTTACCCAGTCCTTTGTCCAGCCGGTACACAGCCCTATTATGACTCTGTGTGAGGGGCATAGGATCTGCAGTACGTACAGAACGACCTACAAGGTTTCCTACCGTCAAGTCTCCAGGAGAACATCCTTCCCCCTTTACTCTTGCTGCCCCGGCTGGAGAAGAATCGGGGCGCxxACTCACAGCTGCGGCCAAGCTCTGTGCCGATTGCAATGTCAGAACGGAGGGACTTGCGTCAGGTCTAATAAGTGTGAATGTCCAGCTGGATGGAGAGGGATTCATTGCCAGATGTATGTGGACGAGTGCAGTGATGGCACCCATCAGTGTTT
consensus depths 2 2 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 5 3 5 3 5 3 5 4 6 4 6 4 6 4 6 4 6 4 6 4 6 4 6 4 6 4 6 4 6 4 6 4 6 4 6 4 6 4 6 4 6 4 6 4 6 4 6 4 6 4 6 4 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 5 6 6 6 6 6 6 6 5 6 5 6 6 6 6 6 6 6 5 5 5 5 5 5 5 5 4 5 4 5 5 5 4 5 4 4 3 3 3 3 2 3 3 3 3 3 2 2 2 2 2 2 2 2
BLH ATG 340 127
BLH MIN 340 50
BLH OVR 340 319
ORF LNG 340 8
PREDICTED - ?? ---- 6e-010 XP_873582.3 PREDICTED: similar to EGF-like-domain, multiple 3 [Bos taurus] -----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------=================================================================================================================================================================================================================================
PROTEIN --- Ag ---- 2e-010 XP_315695.4 AGAP005682-PA [Anopheles gambiae str. PEST] ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------========================================================================================================================================================================
PROTEIN --- Dm ---- 6e-014 NP_788461.1 CG7447-PB, isoform B [Drosophila melanogaster] ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------=====================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
PREDICTED - Sp ---- 7e-021 XP_001184058.1 PREDICTED: similar to EGF-like-domain, multiple 7 [Strongylocentrotus purpuratus] ========================================================================================================================================================================================================================================================================================
PROTEIN === Bt ==== 1e-034 NP_001071506.1 EGF-like-domain, multiple 7 [Bos taurus] =====================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
PREDICTED - Dr ==== 9e-036 NP_001035475.1 hypothetical protein LOC678640 [Danio rerio] ===========================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
PROTEIN === Mm ==== 7e-036 NP_942018.1 vascular endothelial statin isoform 2 precursor [Mus musculus] ==================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
PREDICTED - Cf ---- 2e-036 XP_548371.2 PREDICTED: similar to EGF-like-domain, multiple 7 isoform 1 [Canis familiaris] =========================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
PROTEIN --- Hs ---- 9e-037 NP_958854.1 EGF-like-domain, multiple 7 [Homo sapiens] ================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
PREDICTED = Gg ==== 2e-040 XP_415421.2 PREDICTED: similar to Egfl7 protein [Gallus gallus] ===================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
PROTEIN === Xt ==== 5e-074 NP_001072909.1 EGF-like-domain, multiple 7 [Xenopus tropicalis] ===================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
PREDICTED = Xl ==== 9e-084 NP_001104187.1 hypothetical protein LOC100126603 [Xenopus laevis] =================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
Xl3.1-IMAGE:8071175.5 TGA---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ATG---------------------------TGA------------------------------------------------------------------------------------------------------ATG------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ATG---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ATG
ORF [ open reading frame ...
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5 1 2 bld FaB 5g IMAGE:8071175.5p GGCAGTATTACAGGGACACAGCCAGGAGGAGCTCAGGGTGCTAAGAAGTGGAGTCTGCTCCTTAAGACAATGGTGATGCTACAATCACAGGCTGAGGAGCCTTGGATCCCGGCTAACTGCCTGCAATCAACATGGCAACTCCCAGTCTGGAGGCACAGCCTGCACCCTGTCTTACACCCAGCAGGCACATGAGAGGCATCGGGTTATGGCGCCGTCCTGCCGATTCCTGGGAAAATGAGCAAATGGAAAAGGGAATCCCATTGAAGGCTCGGCTATAGGAGCAGCGGAGGGGACAGAGCACAGAATTCCTTTTTTCCTATTGCACCGGGGAGGCCAGACCATGTGGAAAGTCAGCTGTTTGGTAACGGGATTCCTCCTCATCCTCACAGTCACCAGCACCCCCGCTGCAGAGCATTTGTACCGGACAGGGCGCAGGATCTGCTCGGCCGCTGGGCACCCTGGCACCGTGTCAGTTACCCAGTCCTTTCTCCAGCCGGTACACAGCCCTATTATGACTCTGTGTGAGGGGCATAGGATCTGCAGTACATACAGAACGACCTACAAGGTTTCCTACCGTCAAGTCTCCAGGAGAACATCCTTCCCCCTTTACTCTTGCTGCCCCGGCTGGAGGAGAATCGAGGCGCCCACTCACAGTTGCGGCCAAGTGCTGTGCCGACTGCCATGTCAGAATGGAGGGACGTGCGTCGGTTCTAAATAGTGTGAATGTCCAGCTGGATGGAGAGGGGATCATTGCC
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5 1 2 add Emb4 5g IMAGE:5542429.5p CCACGCGTCCGCCCACGCGTCCGGATTGCACAAGCAAAGTGCAAAGAGGCCATTTCCCAAATGCACCGAGGCTGTCTGTGCCCTTACAGAGGCACACGTGGGATTTAAAGGGATCCACAGCAAGAAAGATTAACCTCTTTGTGTCTGCCTTAACTGGAGCCTTCCCTTTGGAGTATCGGGAATTCCATTGAAGCCTTGGCTATAGGAGCAGCAGAGGGGAAAGAACACGGAGATCATTTATTCATATTGCACAGCAGGAGCACCAAGGGCGGCCAGACCATGTGGAAAGTCAGCTGCTTGGTAACGGGATACCTCCTCATCCTCGCAGACACCAGCGCCGCCGCTGACCATTTGTACCGGACAGGGCGCAGGATCTGCTCTGCCGATGGGCACCCTGGCACCGTGTCGGTTACCCAGTCCTTTGTCCAGCCGGTACACAGTCCTATCATGACTCTGTGCGAGGGACATAGGATTTGCAGTACGTACAGAACTACCTACAAGGTTTCCTACCGGCAAGTCTCCAGGAAAACGTCCTTTCCACTTTACTCTTGCTGCCCCGGCTGGAGAAGAATCGGGGCGCAAACTCACAGCTGCGGCCAAGCTCTGTGCCGATTGCAATGTCAGAACGGAGGGACTTGCGTCAGGTCTAATAAGTGTGAATGTCCAGCTGGATGGAGAGGGATTCATTGCCAGATGTATGTGGACGAGTGCAGTGATGGCACCCATCAGTGTTTCCCTAGCGTGCATCAACTCTGGCTGTAAGCTTCCGGCTGCGAATGCCTTTGAAAGCTTCCCGGTTTGATGGCCGGAATGGAAAAAGACCGTGTCCCAAAAAGTGGCCAGCAACCCAACCGGTGGCCCCCCGTGGCATTCACCCAACCCTCCAGTTACCAAGAAATTCTCGGGAAATTT
5 1 2 bld Sp1 5g IMAGE:4963143-IMAGp.IMAGp CGGCTAACTGCCTGCAATCAACATGGCAACTCCCAGTCTGGAGGCACAGCCTGCACCCTGTCTTACACCCAGCAGGCACATGAGAGGCATCGGGTTATGGCGCCGTCCTGCCGATTCCTGGGAAAATGAGCAAATGGAAAAGGGAATTCCATTGAAGCCTCGGCTATAGGAGCAGCGGAGGGGACAGAGCACGGAATTCCTTTTTTCCTATTGCACCGGGGAGGTCAGACCATGTGGAAAGTCAGCTGTTTGGTAACGGGATTCCTCCTCATCCTCACAGTCATCAGCACCCCCGCTGCAGAGCATTTGTACCGGACAGGGCGCAGGATCTGCTCGGCCGCTGGGCACCCTGGCACCGTGTCAGTTACTCAGTCCTTTGTCCAGCCGGTACACAGCCCTATTATGACTCTGTGTGAGGGGCATAGGATCTGCAGTACGTACAGAACGACCTACAAGGTTTCCTACCGTCAAGTCTCCAGGAGAACATCCTTCCCCCTTTACTCTTGCTGCCCCGGCTGGAGGAGAATCGAGGCGCCCACTCACAGTTGCGGCCAAGTGCTGTG
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