Gurdon Institute Xenopus laevis EST Database
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Application in use by Guest User - 08 Aug 2022 - database INFO-PUBLIC
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By Clone or Sequence Name
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Related Clusters
CS% VC Transcript Size Type Links % In % Out Identified Blast Description.
1 2.0 0Xl3.1-XL001i24.3 11 END 1 20 9 axin-related protein [Xenopus laevis]
2 1.0 0Xl3.1-IMAGE:8463866.3 7 END 1 20 14 (no blast hit)
This cluster: approximate FL confidence score = 92%
1012792019 Xl3.1-IMAGE:6863285.5 - 5 ESTs
.....-10.......0.........10........20........30........40........50........60........70........80........90........100.......110.......120.......130.......140.......150.......160.......170.......180.......190.......200.......210.......220.......230.......240.......250.......260.......270.......280.......290.......300.......310.......320.......330.......340.......350.......360.......370.......380.......390.......400.......410.......420.......430.......440.......450.......460.......470.......480.......490.......500.......510.......520.......530.......540.......550.......560.......570.......580.......590.......600.......610.......620.......630.......640.......650.......660.......670.......680.......690.......700.......710.......720.......730.......740.......750.......760.......770.......780.......790.......800.......810.......820.......830.......840.......850.......860.......870.......880.......890.......900.......910.......920.......930.......940.......950.......960.......970.......980.......990.......1000......1010......1020......1030......1040......1050......1060......1070......1080......1090......1100......1110......1120......1130......1140......1150......1160......1170......1180......1190......1200......1210......1220......1230......1240......1250......1260......1270......1280......1290......1300......1310......1320......1330......1340......1350......1360......1370......1380......1390......1400......1410......1420......1430......1440......1450......1460......1470......1480......1490......1500......1510......1520......1530......1540......1550......1560......1570......1580
? ? ? ? ? ? ? ?
Xl3.1-IMAGE:6863285.5 GGTGTGAGCTGATTCCCCTTCTCTCTCCTCTTTTATACATTTTGTTCTCCCTTCTCCGCTGTGGATTTACTTTCTGCCTCCGCTTGGATTTATTAAAGGGCAGCGATGAGAGCCGATCACATGGGATTATTATTATTACTGGACTTTTAGCGCAAAGGAGCCGCCGCTGTCGCATAAACGAGGATATTTGTAAAGACTCCTGGCAGCCATGAGTTCTGCTGGAGTACTGACCTGCATCCCAGACTCTGGACGTATCTTCAGGGAAACTTCTTTGCGTCCACCTGTACCAGGCCAGGAGACTAAAAACTACAAGCCCGAAAAGTTCACCATGGATTCTCAGCACTTAAAACACAAGGAAGATTTTATCCGTGAAGCTGAAGGCTGCGTTGCCCATGATTCCCGCTTTTCCAGATGGGGCAGGTCTCTAAATCTTCTGCTGGACGACCAGGATGGAGCAACACTTTTCCGCATGTACTTGGAAGGGGAAGGTCTTGGGGATCTTTTAAGTTTCTGGTTTGCTTGCAATGGATTTAGGGCTATGGACCCATCGGAACCCAAGACATCGAAAACAGCTAAAGCCATATATCGCTGGTATGTACAAAATAGTTCAGCCGTTTTATGCCGCTTAAAGCCATCCACCCGCACCCAAGTGAAGGAGTGTGTGAAGAACCAACAATTGAACAAGACTGTGTTTGACCAGGCCCAGCAAGAGATACAAAGGGCAATGGAGCAGGAGGCATTTACCTCCTTTTTGCAGTCTGATATATGCAAGGAGTATGCTCGTGGTGTTGAAGACAGTCCAACTCCAGACAGTCCTGGGCCAGGGCTTCCAACATTGGCTGAGGATGAGGAGTTTGGAGGGTTACACCATTTTTCTTCTGGAATTGGGAAAATAAATCGTGCCTTAGGTCGGATCCCTCCTAGAAACCAAAGGTCTCATTTTCGAAAATCGGAACCAACCTATCCGTACTTTGCTCCTGCAGCCAGTATCAACGACAGTGAGATATCCAGCGATGCTTTGACAGAAGACAGTATGTCCATGACAGATGCGAGTGTAGATGGAATTCCGCCATATCGCTCAAAAAAGCAGAGGGAGATCCACCG
Xl3.1-CHK-1012705821 AGCTGATTCCCCTTCTCTCTCCTCTTTTATACATTTTGTTCTCCCTTCTCCGCTGTGGATTTACTTTCTGCCTCCGCTTGGATTTATTAAAGGGCAGCGATGAGAGCCGATCACATGGGATTATTATTATTACTGGACTTTTAGCGCAAAGGAGCCGCCGCTGTCGCATAAACGAGGATATTTGTAAAGACTCCTGGCAGCCATGAGTTCTGCTGGAGTACTGACCTGCATCCCAGACTCTGGACGTATCTTCAGGGAAACTTCTTTGCGTCCACCTGTACCAGGCCAGGAGACTAAAAACTACAAGCCCGAAAAGTTCACCATGGATTCTCAGCACTTAAAACACAAGGAAGATTTTATCCGTGAAGCTGAAGGCTGCGTTGCCCATGATTCCCGCTTTTCCAGATGGGGCAGGTCTCTAAATCTTCTGCTGGACGACCAGGATGGAGCAACACTTTTCCGCATGTACTTGGAAGGGGAAGGTCTTGGGGATCTTTTAAGTTTCTGGTTTGCTTGCAATGGATTTAGGGCTATGGACCCATCGGAACCCAAGACATCGAAAACAGCTAAAGCCATATATCGCTGGTATGTACAAAATAGTTCAGCCGTTTTATGCCGCTTAAAGCCATCCACCCGCACCCAAGTGAAGGAGTGTGTGAAGAACCAACAATTGAACAAGACTGTGTTTGACCAGGCCCAGCAAGAGATACAAAGGGCAATGGAGCAGGAGGCATTTACCTCCTTTTTGCAGTCTGATATATGCAAGGAGTATGCTCGTGGTGTTGAAGACAGTCCAACTCCAGACAGTCCTGGGCCAGGGCTTCCAACATTGGCTGAGGATGAGGAGTTTGGAGGGTTACACCATTTTTCTTCTGGAATTGGGAAAATAAATCGTGCCTTAGGTCGGATCCCTCCTAGAAACCAAAGGTCTCATTTTCGAAAATCGGAACCAACCTATCCGTACTTTGCTCCTGCAGCCAGTATCAACGACAGTGAGATATCCAGCGATGCTTTGACAGAAGACAGTATGTCCATGACAGATGCGAGTGTAGATGGAATTCCGCCATATCGCTCAAAAAAGCAGAGGGAGATCCACCGGAGCGT
consensus depths 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 3 2 3 2 3 2 3 2 3 2 3 2 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 2 1 2 2 2 3 3 3 3 3 3 3 3 2 3 2 3 1 3 2 3 2 3 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2
BLH ATG 208 190
BLH MIN 208 90
BLH MPR 190 90
BLH OVR 208 249
CDS MIN 208 90
ORF LNG 208 12
PROTEIN --- Ce ---- 3e-009 NP_001123154.1 Regulator of G protein Signaling family member (rgs-7) [Caenorhabditis elegans] ------------------------=============================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
PROTEIN --- Dm ---- 9e-012 NP_733338.1 Axin CG7926-PC [Drosophila melanogaster] =================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
PROTEIN --- Ag ---- 5e-017 XP_320914.3 AGAP002123-PA [Anopheles gambiae str. PEST] ====================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
PREDICTED = Sp ==== 3e-031 XP_001178295.1 PREDICTED: similar to axin [Strongylocentrotus purpuratus] ============================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
PREDICTED - ?? ---- 1e-048 XP_871703.2 PREDICTED: similar to axin 1 isoform 2 [Bos taurus] ================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
PROTEIN --- Dr ---- 4e-060 NP_571636.1 axin 2 (conductin, axil) [Danio rerio] ====================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
PREDICTED = Cf ==== 8e-063 XP_548025.2 PREDICTED: similar to Axin 2 (Axis inhibition protein 2) (Conductin) (Axin-like protein) (Axil) isoform 1 [Canis familiaris] ======================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
PREDICTED = Bt ==== 2e-063 XP_588992.3 PREDICTED: similar to conductin [Bos taurus] ======================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
PROTEIN === Mm ==== 2e-063 NP_056547.3 axin2 [Mus musculus] ==============================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
PROTEIN === Hs ==== 3e-064 NP_004646.2 axin 2 [Homo sapiens] =============================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
PROTEIN === Gg ==== 8e-065 NP_989822.1 axin-related protein [Gallus gallus] ==============================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
PROTEIN === Xt ==== 3e-166 CAL49410.1 axin 2 (conductin, axil) [Xenopus tropicalis] ======================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
PROTEIN === Xl ==== 3e-175 NP_001087841.1 MGC81576 protein [Xenopus laevis] ==============================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
Xl3.1-IMAGE:6863285.5 TGA---------------------------------------------------------------------------------------------------TGA---------------------------------------------------------------------------------TAA---------------ATG---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ATG------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ATG------------------------------------------------------------------ATG---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ATG------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ATG---ATG
ORF [ open reading frame ...
5 1 2 seed Emb1 5g IMAGE:6863285.5p CTTACTCAACAACAAGGTGTGAGCTGATTCCCCTTCTCTCTCCTCTTTTATACATTTTGTTCTCCCTTCTCCGCTGTGGATTTACTTTCTGCCTCCGCTTGGATTTATTAAAGGGCAGCGATGAGAGCCGATCACATGGGATTATTATTATTACTGGACTTTTAGCGCAAAGGAGCCGCCGCTGTCGCATAAACGAGGATATTTGTAAAGACTCCTGGCAGCCATGAGTTCTGCTGGAGTACTGACCTGCATCCCAGACTCTGGACGTATCTTCAGGGAAACTTCTTTGCGTCCACCTGTACCAGGCCAGGAGACTAAAAACTACAAGCCCGAAAAGTTCACCATGGATTCTCAGCACTTAAAACACAAGGAAGATTTTATCCGTGAAGCTGAAGGCTGCGTTGCCCATGATTCCCGCTTTTCCAGATGGGGCAGGTCTCTAAATCTTCTGCTGGACGACCAGGATGGAGCAACACTTTTCCGCATGTACTTGGAAGGGGAAGGTCTTGGGGATCTTTTAAGTTTCTGGTTTGCTTGCAATGGATTTAGGGCTATGGACCCATCGGAACCCAAGACATCGAAAACAGCTAAAGCCATATATCGCTGGTATGTACAAAATAGTTCAGCCGTTTTATGCCGCTTAAAGCCATCCACCCGCACCCAAGTGAAGGAGTGTGTGAAGAACCAACAATTGAACAAGACTGTGTTTGACCAGGCCCAGCAAGAGATACAAAGGGCAATGGAGCAGGAGGCATTTACCTCCTTTTTGCAGTCTGATATATGCAAGGAGTATGCTCCTGGTGTTGAAGAACAGTCCAACTCCAGACAGTCCTGGGCCAAGGGCTTCCAACATTGGGCTGAAGGATGAGGAAGTTTG
5 1 2 bld Neu7 5g3 out XL005a06.5p GGTGTGAGCTGATTCCTCTTCTCTCTCCTCTTTTATACATTTTGTTCTCCCTTCTCCGCTGTGGATTTACTTTCTGCCTCCGCTTGGATTTATTAAAGGGCAGCGATGAGAGCCGATCACATGGGATTATTATTATTACTGGACTTTTAGCGCAAAGGAGCCGCCGCTGTCGCATAAACGAGGATATTTGTAAAGACTCCTGGCAGCCATGAGTTCTGCTGGAGTACTGACCTGCATCCCAGACTCTGGACGTATCTTCAGGGAAACTTCTTTGCGTCCACCTGTACCAGGCCAGGAGACTAAAAACTACAAGCCCGAAAAGTTCACCATGGATTCTCAGCACTTAAAACACAAGGAAGATTTTATCCGTGAAGCTGAAGGCTGCGTTGCCCATGATTCCCGCTTTTCCAGATGGGGCAGGTCTCTAAATCTTCTGCTGGACGACCAGGATGGAGCAACACTTTTCCGCATGTACTTGGAAGGGGAAGGTCTTGGGGATCTTTTAAGTTTCTGGTTTGCTTGCAATGGATTTAGGGCTATGGACCCATCGGAACCCAAGACATCGAAAACAGCTAAAGCCATATATCGCTGGTATGTACAAAATAGTTC
5 1 2 bld Ga18 xlk140k11ex.5p ATTCCCGCTTCTCCAGATGGGGCAGGNCTCTAAATCTNCTACTTGATGACCAGNATGGAGCNNNNNNTTCCGCATGTACTTGGNAGGGGAAGGCTTGGGGATCTTTTAACTTTCTGGTTTGCTTGCAATGGATTTAGGGCTATGGACCCATTAGAACCCAAAANATCAAAAACAGCTAAAGCCATATATCGCTGGNATGTACAAAATAGC
5 1 1 add Emb1 IMAGE:5156726.5p ccacgcgtccgcccacgcgtccgcccacgcgtccggcAGGAGGCATTTACCTCCTTTTTGCAGTCTGATATATGCAAGGAGTATGCTCGTGGTGTTGAAGACAGTCCAACTCCAGACAGTCCTGGGCCAGGGCTTCCAACATTGGCTGAGGATGAGGAGTTTGGAGGGTTACACCATTTTTCTTCTGGAATTGGGAAAATAAATCGTGCCTTAGGTCGGATCCCTCCTAGAAACCAAAGGTCTCATTTTCGAAAATCGGAACCAACCTATCCGTACTTTGCTCCTGCAGCCAGTATCAACGACAGTGAGATATCCAGCGATGCTTTGACAGAAGACAGTATGTCCATGACAGATGCGAGTGTAGATGGAATTCCGCCATATCGCTCAAAAAAGCAGAGGGAGATCCACCGGAGCGTCAGCGCCAATGGACAAGTGTCTTTGCCTTTTGTTCCAAGGACTATGCGTCCACCAGCGGAGATGATGCCAGCCAGTCCTGCAGAGTTTGCAGCCAAGCTGACGATGGCTTTGGAGAGAGTAAAGAAACAAAGGGAGGCTGAAGAGAAACTGGAAGAAAGGTTGCAGAGGTTAAAAGAGGATGAAGAAAAAGCCGACTATGACATCCCGCCATCCAATCACGAGACGGCACCTGTGGCTGCTTTAGAGGATGATCCACAGTCCATTCTTGATGACCATGTATCTAGAGTTCTGAAAACGCCAGCAAATCTCTCTCCAGGGCGCAGTCCCCTTTCGTTTCAAGAAAAGCAAATTTTCAACCAGCCTCCTCGAAAGGGCAGACTTCCGCATCCTGGTACTTGGCGTCCCCAAGTTCCTTCGGGGTATGGAAACGTCCTTCCACGTTTGGCATCCGAAGCACGAAGGCTCCTTGA
5 1 1 add Ga18 out xlk154b03ex.5p AGCATTTACCTCCTTTTTGCAGTCTGATATATGCAAGGAGTATGCTCGTGGTGTTGAAGACAGTCCAACTCCAGACAGTCCTGGGCCAGGNNTTCCAACATTGGCTGAGGATGAGGAGTTTGGAGGGTTACACCATTTTTCTTCTGGAATTGGGAAAATAAATCGTGCCTTAGGTCGGATCCCTCCTAGAAACCAAAGGTCTCATTTTCGAAAATCGGAACCAACCTATCCGTACTTTGCTCCTGCAGCCAGTATCAACGACAGTGAGATATCCAGCGATGCTTTGACAGAAGACAGTATGTCCATGACAGATGCGAGTGTAGATGGAATTCCGCCGTATCGCTCAAAAAAGCAGAGGGAGATCCACCGGAGCGNNNNNNAATGGACAAGTGTCTTTGCCTTTTGTTCCAAGGACTATGCGTCCACCAGCGGAGATGATGCCAGCCAGTCCGGCAGAGTTTGCAGCCAAGCTGACGATGGCTTTGGAGAGAGTAAAGAAACAAAGGGAGGNTGAAGAGAAACTGGAAGAAAGGNTGCAGAGGTTAAAAGAGGATGAAGAAAAAGCCGACTATGACATCCCGCCATCCAATCACGAGACGGCNNCTGTGGCTGCTTTAGAGGANGATCCACAGTCCATCCTTGATGACCATGTATCTAGANNCTGAAAACGCCAGNAAATCTCTCTNCNAGGGCGCNGNNNNCTTTCGTTCAAAGAAANGNAATTNNAC
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