Gurdon Institute Xenopus laevis EST Database
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Application in use by Guest User - 16 Oct 2019 - database INFO-PUBLIC
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By Clone or Sequence Name
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Related Clusters
CS% VC Transcript Size Type Percent From To Identified Blast Description.
1 0.0 0Xl3.1-XL103e12.3 13 PI 86 1192 1358 (no blast hit)
2 0.0 0Xl3.1-IMAGE:8317790.5 4 PI 94 1513 1855 Homeo box B3 [Xenopus tropicalis]
This cluster: approximate FL confidence score = 84%
1012794139 Xl3.1-IMAGE:5505822.5 - 4 ESTs
0.........10........20........30........40........50........60........70........80........90........100.......110.......120.......130.......140.......150.......160.......170.......180.......190.......200.......210.......220.......230.......240.......250.......260.......270.......280.......290.......300.......310.......320.......330.......340.......350.......360.......370.......380.......390.......400.......410.......420.......430.......440.......450.......460.......470.......480.......490.......500.......510.......520.......530.......540.......550.......560.......570.......580.......590.......600.......610.......620.......630.......640.......650.......660.......670.......680.......690.......700.......710.......720.......730.......740.......750.......760.......770.......780.......790.......800.......810.......820.......830.......840.......850.......860.......870.......880.......890.......900.......910.......920.......930.......940.......950.......960.......970.......980.......990.......1000......1010......1020......1030......1040......1050......1060......1070......1080......1090......1100......1110......1120......1130......1140......1150......1160......1170......1180......1190......1200......1210......1220......1230......1240......1250......1260......1270......1280......1290......1300......1310......1320......1330......1340......1350......1360......1370......1380......1390......1400......1410......1420......1430......1440......1450......1460......1470......1480......1490......1500......1510......1520......1530......1540......1550......1560......1570......1580......1590......1600......1610......1620......1630......1640......1650......1660......1670......1680......1690......1700......1710......1720......1730......1740......1750......1760......1770......1780......1790......1800......1810......1820......1830......1840......1850......1860......1870......1880
? ? ? ? ? ? ? ?
Xl3.1-IMAGE:5505822.5 ATCGATTCGCTGGCTTGTGTGAGGGACCGGCAGTTGCANAGAGAGAGACAGAGAGACAGAGAGAGAGATGCAGTTGAGCAGATGAGACGGTGCTGGGGCAGCAGGCGATGCAGATCACTGCAGAGAGGACATGAGGAGCTGCTAAATATCTGTAAGGAGCTTCTGTCTGGAGACAAAAAGGTGCACACGGCTCGTGGATTCTCCAGAGAACTGCGGATGAGAATATTTTTTCTGCACTTTGGAGAAGAGTAAAAAACATGTCTTGGACATTAGCAGATTCGGGCAGCAGGGGAGCAGGGCCCAGGACCTCTCAAGAGGTTGCAGGATAGATATGTATTCGTCAGGAAAATCGCAGACATGGTCTCCTTGCGTCTGACGTGAAATTCAACTGTCCTTAAAAAACAGCCTGAGAACTGCGGATGAGAATATTTTTTCTGCACTTTGGAGAAGAGTAAAAAACATGTCCTTGGACATTAGCAGATTCGGGCAGCAGGGGAGCAGGGCCCAGGACCTCTCAAGACACCCCCTTGTTTTTCTTCTTGCTGTTATATCATATTTATTGGAAAAGGCAATTAAACTGGTAGCTTCCAACAACAACCCCGAAGATATCCCGTGCCAGGTGACTGTGGGGTGCCAATGTTATTCTGTAAGGGTGGGGACACCCCTCCGAGTCGGTGACAGCTGTTTTTGGGGATCTCGGAGATGCAAAAAGCCTCCTACTATGACAACCCCACTCTATTCGGAGGTTACCCGTACCAGGCAGGGAGTCTGGGATATGAAGGGCCCCAGCAATCCTTCCCCACTTCTTCCCACATGGACAATGACTTCCAGCGGTCCTCCTGCTCCCTGCAGTCTCTGGGTCCACAGGGGCCCCTGGGGGAAGCCTAAGAACCTAAATGGAGCTGCATGCGCCCCAATCTGCCATCTGAGCATAACCAGTCGCAACCCCTGTCTCCAGCAGCCAACCCCAGTAGCAACAACAATAACAACAGCAGCAACTCCCAGGCGGCCCTCAGCAAACCCTCTCCGGCCAAAAGCCAGGTCAGCTCCAGCCCAGTCAGCAAACGGATCTTCCCTTGGATGAAAGAGTCCAGACAGAACTCAAAACAGAAATCCAGCCCCCCAGCCCCAGCGGCAGAAAGCTGCGCAGGTGACAGGAGCCCCCCGGGTTCGTCTGCGTCGAAGAGAGCGCGCACCGCTTACACGAGCGCACAACTGGTGGAACTGGAGAAGGAGTTTCACTTTAATCGCTACCTGTGCCGCCCCAGGAGGGTGGAGATGGCCAACCTGCTCAACCTGAGCGAGAGGCAAATCAAGATCTGGTTCCAGAACCGAAGGATGAAGTATAAGAAAGATCAAAAGGTAAAAGGCATGTCTTCTTCATCAGGAGGACCTTCACCAACTAGCACTCCCCCCCTGAGCTTGCAATCGTCTGCAGGGTTCCTGGGATCCATGCACTCTATGACTGCTAATTATGAGGCGCCCTCCCCACCCTCCTTTAATAAACCCCACCAGAATGCCTACTATCAGAACCCTGGCAAAGGTTGCCCCTCTCAGCAGAAGTATGGGAACCCTGCTGTAGAGTACGACCACCATGGCTTACAAGGGAATGGGGGCGCCTATGTGTCACCCAATATGCAAGCAAGTCCGGTGTACGTAGGGGGTAACTATGTGGATTCTGTGCCAGCACAAGGCCCTCCTCTTTATGGTCTCAACCACCTTGCACACCAGNCCCCCAATATGGACTACAATGGGGCACCTCCC------------CAGCACATGCACCTTGTGACCCCCACCCCACTACTCAGAGCTCCACACCAGGGCAGGATCAAGAAGCCCCNAATTGACCATTGT
Xl3.1-CHK-1012706855 TCGCTGGCTTGTGTGAGGGACCGGCAGTTGCANAGAGAGAGACAGAGAGACAGAGAGAGAGATGCAGTTGAGCAGATGAGACGGTGCTGGGGCAGCAGGCGATGCAGATCACTGCAGAGAGGACATGAGGAGCTGCTAAATATCTGTAAGGAGCTTCTGTCTGGAGACAAAAAGGTGCACACGGCTCGTGGATTCTCCAGAGAACTGCGGATGAGAATATTTTTTCTGCACTTTGGAGAAGAGTAAAAAACATGTCTTGGACATTAGCAGATTCGGGCAGCAGGGGAGCAGGGCCCAGGACCTCTCAAGAGGTTGCAGGATAGATATGTATTCGTCAGGAAAATCGCAGACATGGTCTCCTTGCGTCTGACGTGAAATTCAACTGTCCTTAAAAAAxxxCCxGAGAACTGCGGATGAGAATATTTTTTCTGCACTTTGGAGAAGAGTAAAAAACATGTCCTTGGACATTAGCAGATTCGGGCAGCAGGGGAGCAGGGCCCAGGACCTCTCAAGACACCCCCTTGTTTTTCTTCTTGCTGTTATATCATATTTATTGGAAAAGGCAATTAAACTGGTAGCTTCCAACAACAACCCCGAAGATATCCCGTGCCAGGTGACTGTGGGGTGCCAATGTTATTCTGTAAGGGTGGGGACACCCCTCCGAGTCGGTGACAGCTGTTTTTGGGGATCTCGGAGATGCAAAAAGCCTCCTACTATGACAACCCCACTCTATTCGGAGGTTACCCGTACCAGGCAGGGAGTCTGGGATATGAAGGGCCCCAGCAATCCTTCCCCACTTCTTCCCACATGGACAATGACTTCCAGCGGTCCTCCTGCTCCCTGCAGTCTCTGGGTCCACAGGGGCCCCTGGGGGAAGCCTAAGAACCTAAxxGGAGCTGCATGCGCCCCAATCTGCCATCTGAGCATAACCAGTCGCAACCCCTGTCTCCAGCAGCCAACCCCAGTAGCAACAACAATAACAACAGCAGCAACTCCCAGGCGGCCCTCAGCAAACCCTCTCCGGCCAAAAGCCAGGTCAGCTCCAGCCCAGTCAGCAAACGGATCTTCCCTTGGATGAAAGAGTCCAGACAGAACTCAAAACAGAAATCCAGCCCCCCAGCCCCAGCGGCAGAAAGCTGCGCAGGTGACAGGAGCCCCCCGGGTTCGTCTGCGTCGAAGAGAGCGCGCACCGCTTACACGAGCGCACAACTGGTGGAACTGGAGAAGGAGTTTCACTTTAATCGCTACCTGTGCCGCCCCAGGAGGGTGGAGATGGCCAACCTGCTCAACCTGAGCGAGAGGCAAATCAAGATCTGGTTCCAGAACCGAAGGATGAAGTATAAGAAAGATCAAAAGGTAAAAGGCATGTCTTCTTCATCAGGAGGACCTTCACCAACTAGCACTCCCCCCCTGAGCTTGCAATCGTCTGCAGGGTTCCTGGGATCCATGCACTCTATGACTGCTAATTATGAGGCGCCCTCCCCACCCTCCTTTAATAAACCCCACCAGAATGCCTACTATCAGAACCCTGGCAAAGGTTGCCCCTCTCAGCAGAAGTATGGGAACCCTGCTGTAGAGTACGACCACCATGGCTTACAAGGGAATGGGGGCGCCTATGTGTCACCCAATATGCAAGCAAGTCCGGTGTACGTAGGGGGTAACTATGTGGATTCTGTGCCAGCACAAGGCCCTCCTCTTTATGGTCTCAACCACCTTGCACACCAGNCCCCCAATATGGACTACAATGGGGCACCTCCCATGCCA------------ATGCACCTTGTGACCCCCACCCCACTACTCAGAGCTCCACACCAGGGCAGGATCAAGAAGCCCCNAATTGAC
consensus depths 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 2 1 2 1 2 1 2 1 2 1 2 1 2 1 2 1 2 1 2 1 2 1 2 1 2 1 2 1 2 1 2 1 2 1 2 1 2 1 2 1 2 1 2 1 2 1 2 1 2 1 2 1 2 1 2 1 2 1 2 1 2 1 2 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 1 2 1 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 1 2 1 2 1 2 1 2 1 2 1 2 1 2 1 2 1 2 1 2 1 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
BLH ATG 702 217
BLH MIN 702 131
BLH MPR 72 131
BLH OVR 702 189
CDS MIN 702 131
PROTEIN --- Ce ---- 3e-020 NP_001021164.1 abnormal cell LINeage family member (lin-39) [Caenorhabditis elegans] ----------------------------==========================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
PROTEIN --- Dm ---- 4e-023 NP_476669.3 CG31481-PA, isoform A [Drosophila melanogaster] -----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------==========================================================================================================================================================================================================================================================================================
PROTEIN --- Sp ---- 5e-023 NP_999815.2 homeobox protein Splox [Strongylocentrotus purpuratus] ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------==================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
PREDICTED - ?? ---- 2e-027 XP_001789503.1 PREDICTED: similar to Homeobox protein Hox-B2 (Hox-2H) (Hox-2.8) (K8) [Bos taurus] ------------------------------================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
PROTEIN --- Ci ---- 1e-031 NP_001027669.1 homeoprotein 3 [Ciona intestinalis] --------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------=============================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
PREDICTED = Cf ==== 1e-095 XP_539485.2 PREDICTED: similar to homeobox A3 protein isoform a isoform 1 [Canis familiaris] =======================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
PROTEIN === Xl ==== 6e-099 NP_001080293.1 homeo box A3 [Xenopus laevis] =======================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
PROTEIN === Hs ==== 6e-116 NP_002137.4 homeobox B3 [Homo sapiens] =============================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
PROTEIN === Mm ==== 3e-117 NP_034588.2 homeo box B3 [Mus musculus] ============================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
PROTEIN === Bt ==== 2e-118 NP_001092644.1 homeobox B3 [Bos taurus] ============================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
PROTEIN === Dr ==== 7e-134 NP_571192.2 homeo box B3a [Danio rerio] ============================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
PROTEIN === Gg ==== 9e-135 NP_990074.1 homeo box B3 [Gallus gallus] ========================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
PROTEIN === Xt ==== 0 AAI35407.1 Homeo box B3 [Xenopus tropicalis] =======================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
Xl3.1-IMAGE:5505822.5 ATG------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ATG------------------------------TAA------------------TAG------------------------------------------------------------------------------------ATG------------------TGA---------------------------------------TGA---------------------------------------------------TAG------------------------------------------------------------------------------------------------TAA------------------------------------------------------------ATG------------------------------------TGA------------------------ATG------------------------------------------------------------------------------------------------------------ATG---------------------------------------------------------------------TAA------------------ATG---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ATG---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ATG---------------------------------------------------------ATG------------------------------ATG------------------------------------------------------------------------------ATG------ATG---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ATG------------------------------------------------------------------------------------------------------ATG---------------------------------------ATG
ORF ... open reading frame ...
ORF ... open reading frame ...
5 1 1 add DMZ xl337a18.5p ATCGATTCGCTGGCTTGTGTGAGGGACCGGCAGTTGCANagagagagacagagagacagagagagagaTGCAGTTGAGCAGATGAGACGGTGCTGGGGCAGCAGGCGATGCAGATCACTGCAGAGAGGACATGAGGAGCTGCTAAATATCTGTAAGGAGCTTCTGTCTGGAGACAAAAAGGTGCACACGGCTCGTGGATTCTCCAGAGAACTGCGGATGAGAATATTTTTTCTGCACTTTGGAGAAGAGTAAAAAACATGTCTTGGACATTAGCAGATTCGGGCAGCAGGGGAGCAGGGCCCAGGACCTCTCAAGAGGTTGCAGGATAGATATGTATTCGTCAGGAAAATCGCAGACATGGTCTCCTTGCGTCTGACGTGAAATTCAACTGTCCTTAAAAAACAGCCTATAGCagagacaagaaagagagagagagagagagagaaagagagagagggagagagagagaggctgccatagagagagTGGGATTCGAGCCACACCGTGGGCTGGATTATTACACCCCCTTGTTTTTCTTCTTGCTGTTATATCATATTTATTGGAAAAGGCAATTAAACTGGTCGCTTCCAACAACAACCCCGAAGATATCCCGTGCCAGGTGACTGTGGGGTGCCAATGTTATTCTGTAAGGGTGGGGACACCCTCCGAGTCGGTGACAGCTGTTTTTGGGGATCTCGG
5 1 2 skin Kid 5g IMAGE:4030623.5p CACCGCACCTTGGGTAGGATCAGTCGCTCCTCCAGGGCTCCGCGGGCTGCTCCCTGCCCTAGGTGTGCGCGCTGCAGGCTCACAGCTGCGCCAATGCGGAGGAATGGGAGAGACCAGGCAGGCTGGGAGTTGCTGCTCCGGATGCGCCGCTGCTTCTCTCTGACACCCACAGAGTCTGCTCCATCCGCGATCTCACGGCTCCTCTATAGCAGCAATTGCAGCAGCACAGCTGGGAAGCACCGCACTCTAAGATCTGTAAGGGAGCTTCTGTCTGGAGACAAAAAGGTGCACACGGCTCGTGGATTCTCCAGAGAACTGCGGATGAGAATATTTTTTCTGCACTTTGGAGAAGAGTAAAAAACATGTCCTTGGACATTAGCAGATTCGGGCAGCAGGGGAGCAGGGCCCAGGACCTCTCAAGACACCCCCTTGTTTTTCTTCTTGCTGTTATATCATATTTATTGGAAAAGGCAATTAAACTGGTAGCTTCCAACAACAACCCCGAAGATATCCCGTGCCAGGTGACTGTGGGGTGCCAATGTTATTCTGTAAGGGTGGGGACACCCCTCCGAGTCGGTGACAGCTGTTTTTGGGGATCTCGGAGATGCAAAAAGCCTCCTACTATGACAACCCCACTCTATTCGGAGGTTACCCGTACCAGGCAGGGAGTCTGGGATATGAAGGGCCCCAGCAATCCTTCCCCACTTCTTCCCACATGGACAATGACTTCCAGCGGTCCTCCTGCTCCCTGCAGTCTCTGGGTCCACAGGGGCCCCTGGGGGAAGCCTAAGAACCTAAATGGGAAGCTGGCTGCGCCCCAATCTGCCATCTGAACCTAACCAGTCGCAACCCCTGTCTCCAGCAGCCAACCCAGTAGCCACCCCCATAACACCGGCAGCAACTTCCCAGGGGGCCCTCAGA
5 1 2 bld Tbd7 XL094c23.5p GGGGAGTCTGGGATATGAAGGGCCCCAGCAATCCTTCCCCACTTCTTCCCACATGGACAATGACTTCCAGCGGTCCTCCTGCTCCCTGCAGTCTCTGGGTCACAGTGGGCCACTGGTGAAGCCTAAGAACCTAAATGGGAGCTGCATGCGCCCCAATCTGCCATCTGAGCATAACCAGTCGCAACCCCTGTCTCCAGCAGCCAACCCCAGTAGCAACAACAATAACAACAGCAGCAACTCCCAGGCGGCCCTCAGCAAACCCTCTCCGGCCAAAAGCCAGGTCAGCTCCAGCCCAGTCAGCAAACGGATCTTCCCTTGGATGAAAGAGTCCAGACAGAACTCAAAACAGAAATCCAGCCCCCCAGCCCCAGCGGCAGAAAGCTGCGCAGGTGACAGGAGCCCCCCGGGTTCGTCTGCGTCGAAGAGAGCGCGCACCGCTTACACGAGCGCACAACTGGTGGAACTGGAGAAGGAGTTTCACTTTAATCGCTACCTGTGCCGCCCCAGGAGGGTGGAGATGGCCAACCTGCTCAACCTGAGCGAGAGGCAAATCAAGATCTGGTTCCAGAACCGAAGGATGAAGTATAAGAAAGATCAAAAGGTAAAAGGCATGTCTTCTTCATCAGGAGGACCTTCACCAACTAGCACTCCCCCCCTGAGCTTGCAATCGTCTGCAGGGTTCCTGGGATCCATGCACTCTATGACTGC
5 1 2 seed Sp1 IMAGE:5505822.5p CGGATCTTCCCTTGGATGAAAGAGTCCAGACAGAACTCAAAACAGAAATCCAGCCCCCCAGCCCCAGCGGCAGAAAGCTGCGCAGGTGACAGGAGCCCCCCGGGTTCGTCTGCGTCGAAGAGAGCGCGCACCGCTTACACGAGCGCACAACTGGTGGAACTGGAGAAGGAGTTTCACTTTAATCGCTACCTGTGCCGCCCCAGGAGGGTGGAGATGGCCAACCTGCTCAACCTGAGCGAGAGGCAAATCAAGATCTGGTTCCAGAACCGAAGGATGAAGTATAAGAAAGATCAAAAGGTAAAAGGCATGTCTTCTTCATCAGGAGGACCTTCACCAACTAGCACTCCCCCCCTGAGCTTGCAATCGTCTGCAGGGTTCCTGGGATCCATGCACTCTATGACTGCTAATTATGAGGCGCCCTCCCCACCCTCCTTTAATAAACCCCACCAGAATGCCTACTATCAGAACCCTGGCAAAGGTTGCCCCTCTCAGCAGAAGTATGGGAACCCTGCTGTAGAGTACGACCACCATGGCTTACAAGGGAATGGGGGCGCCTATGTGTCACCCAATATGCAAGCAAGTCCGGTGTACGTAGGGGGTAACTATGTGGATTCTGTGCCAGCACAAGGCCCTCCTCTTTATGGTCTCAACCACCTTGCACACCAGNCCCCCAATATGGACTACAATGGGGCACCTCCCATGCCACCNANNCAGCACATGCACCTTGTGACCCCCACCCCACTACTCAGAGCTCCACACCAGGGCAGGATCAAGAAGCCCCNAATTGACCATTGTGATTNNAAACANACAANCAGTCN
In case of problems mail me! (mike.gilchrist@crick.ac.uk)