Gurdon Institute Xenopus laevis EST Database
|
|
+
|
Application in use by Guest User - 08 Aug 2022 - database INFO-PUBLIC
|
=
|
|
==
|
|
=
|
By Clone or Sequence Name
|
|
|
|
=
|
|
.
|
|
Related Clusters
CS% VC Transcript Size Type Links % In % Out Identified Blast Description.
1 1.0 0Xl3.1-rxlk157k16ex.3 5 END 1 33 20 (no blast hit)
CS% VC Transcript Size Type Percent From To Identified Blast Description.
2 0.0 0Xl3.1-xl265h13.5 3 PI 88 557 787 sterol regulatory element binding transcription factor 2 [Xenopus tropicalis]
This cluster: approximate FL confidence score = 0%
1012798600 Xl3.1-xl264h13.5 - 3 ESTs
-1000.....-990......-980......-970......-960......-950......-940......-930......-920......-910......-900......-890......-880......-870......-860......-850......-840......-830......-820......-810......-800......-790......-780......-770......-760......-750......-740......-730......-720......-710......-700......-690......-680......-670......-660......-650......-640......-630......-620......-610......-600......-590......-580......-570......-560......-550......-540......-530......-520......-510......-500......-490......-480......-470......-460......-450......-440......-430......-420......-410......-400......-390......-380......-370......-360......-350......-340......-330......-320......-310......-300......-290......-280......-270......-260......-250......-240......-230......-220......-210......-200......-190......-180......-170......-160......-150......-140......-130......-120......-110......-100......-90.......-80.......-70.......-60.......-50.......-40.......-30.......-20.......-10.......0.........10........20........30........40........50........60........70........80........90........100.......110.......120.......130.......140.......150.......160.......170.......180.......190.......200.......210.......220.......230.......240.......250.......260.......270.......280.......290.......300.......310.......320.......330.......340.......350.......360.......370.......380.......390.......400.......410.......420.......430.......440.......450.......460.......470.......480.......490.......500.......510.......520.......530.......540.......550.......560.......570.......580.......590.......600.......610.......620.......630.......640.......650.......660.......670.......680.......690.......700.......710.......720.......730.......740.......750.......760.......770.......780.......790.......800.......810.......820.....
? ? ? ? ? ? ? ?
Xl3.1-xl264h13.5 ATCTTCCATGGCTATTGGCTGGTTACAAGGGGATGATTCTGTGGTGAAATCACACTTTGCAGAAGTAGAAAGAATTCCTAAGCTCCTTGACTCTGATAACCCTCTGGTGAAAGCAGTGATCCATGTGTGCCGAGCCATGCAAGCAGCTGTACTTGGTAAATGTGATGGCCAGCAGAGCTCATTCTATCACTGTGAGAAAGCCAGCACATTCTTGTGGAACAGTCTGAATATGAGCAGCACCGGCAACACAAATCTCAACAAGGTGGTGCAACTTTTAATTTGCGACCTTCTGCTTTCATTGCGCACTTCCTTATGGCAGAAACAGTCCTCCAGTCCAGCAGCTGGAGAATCTATTCATGCACCCACTTCTGTCCTAACAGGATTCCAGCGTGATCTCAGCAGTCTGCGTCGTTTGTCTTTCATCTTTAAACCTGCCCACTGCAAGCTCTTCCTCCATGAAGCCACAGTACGATTGATGGCTGGTGCAAGTCCAACCCGTACACATCAGCTTCTGCTACATAGCTTGCAAAAACGCACAGCACTTGCAAATAAACAAGGTGACCTGGACTCATTACCTGGGCAACGGGAGAGAGCTACAGCTATTCTTCTGGCCTGTCGACACCTACCACTTTCATTTCTGTCATCCCCTGGGCAGAGAGCCGTCATGCTTGCTGAAGCTGCCCGAACTCTCGAGAAAGTGGGTGACCGTCGTTCTTACCACGATTGCCAGCAAATGATGGTGAAGTTGAGCGGTGGCACTGCTATGGCAGCCTCCTGAAACGGACACTCGCCCAGATCTGTTGGGAAGAAACAACATTCTCTTTTTCC
Xl3.1-CHK-1012710185 CATGGCTATTGGCTGGTTACAAGGGGATGATTCTGTGGTGAAATCACACTTTGCAGAAGTAGAAAGAATTCCTAAGCTCCTTGACTCTGATAACCCTCTGGTGAAAGCAGTGATCCATGTGTGCCGAGCCATGCAAGCAGCTGTACTTGGTAAATGTGATGGCCAGCAGAGCTCATTCTATCACTGTGAGAAAGCCAGCACATTCTTGTGGAACAGTCTGAATATGAGCAGCACCGGCAACACAAATCTCAACAAGGTGGTGCAACTTTTAATTTGCGACCTTCTGCTTTCATTGCGCACTTCCTTATGGCAGAAACAGTCCTCCAGTCCAGCAGCTGGAGAATCTATTCATGCACCCACTTCTGTCCTAACAGGATTCCAGCGTGATCTCAGCAGTCTGCGTCGTTTGTCTTTCATCTTTAAACCTGCCCACTGCAAGCTCTTCCTCCATGAAGCCACAGTACGATTGATGGCTGGTGCAAGTCCAACCCGTACACATCAGCTTCTGCTACATATCTTGCAAAAACGCACAGCACTTGCAAATAAACAAGGTGACCTGGACTCATTACCTGGGCAACGGGAGAGAGCTACAGCTATTCTTCTGGCCTGTCGACACCTACCACTTTCATTTCTGTCATCCCCTGGGCAGAGAGCCGTCATGCTTGCTGAAGCTGCCCGAACTCTCGAGAAAGTGGGTGACCGTCGTTCTTACCACGATTGCCAGCAAATGATGGTGAAGTTGAGCGGTGGCACTGCTATGGCAGCCTCCTGAAACGGACACTCGCCCAGATCTGTTGGGAAGAAACAACATTCTCT
consensus depths 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 2 2 2 2 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 2 3 2 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 2 3 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 1 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
PREDICTED - Sp ---- 2e-026 XP_001178836.1 PREDICTED: hypothetical protein [Strongylocentrotus purpuratus] ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------=================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
...PROTEIN --- Dm ---- 4e-037 NP_524166.2 CG8522-PC [Drosophila melanogaster] -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------===========================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
...PROTEIN --- Ag ---- 9e-041 XP_311076.4 AGAP000076-PA [Anopheles gambiae str. PEST] --------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------=====================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
...PREDICTED - ?? ---- 6e-057 XP_001790652.1 PREDICTED: sterol regulatory element binding transcription factor 1 [Bos taurus] ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------====================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
PREDICTED - Dr ---- 8e-067 XP_001918672.1 PREDICTED: hypothetical protein [Danio rerio] ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------=============================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
...PROTEIN --- Mm ---- 3e-097 NP_150087.1 sterol regulatory element binding factor 2 [Mus musculus] ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------===================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
...PREDICTED - Cf ---- 5e-098 XP_849087.1 PREDICTED: similar to sterol regulatory element-binding transcription factor 2 isoform 1 [Canis familiaris] -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------===================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
...PREDICTED - Bt ---- 1e-098 XP_583656.3 PREDICTED: similar to sterol regulatory element-binding transcription factor 2 [Bos taurus] -----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------===================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
...PROTEIN --- Hs ---- 3e-100 NP_004590.2 sterol regulatory element-binding transcription factor 2; sterol regulatoryelement-binding protein 2 [Homo sapiens] -----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------===================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
...PREDICTED - Gg ---- 6e-101 XP_416222.2 PREDICTED: similar to sterol regulatory element binding protein-2 [Gallus gallus] ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------===================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
...PROTEIN --- Xt ---- 1e-137 NP_001116910.1 sterol regulatory element binding transcription factor 2 [Xenopus tropicalis] -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------======================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
...PROTEIN --- Xl ---- 5e-138 NP_001085554.1 MGC80395 protein [Xenopus laevis] ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------======================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
Xl3.1-xl264h13.5 ATG------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ATG------------------------------------------------------------------------------------------ATG---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ATG------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ATG------------------------------------------------------------------ATGATG------------------------ATG---------TGA
ORF ... open reading frame ...
5 1 2 bld Emb3 IMAGE:3399750.5p ATCTTCCATGGCTATTGGCTGGTTACAAGGGGATGATTCTGTGGTGAAATCACACTTTGCAGAAGTAGAAAGAATTCCTAAGCTCCTTGACTCTGATAACCCTCTGGTGAAAGCAGTGATCCATGTGTGCCGAGCCATGCAAGCAGCTGTACTTGGTAAATGTGATGGCCAGCAGAGCTCATTCTATCACTGTGAGAAAGCCAGCACATTCTTGTGGAACAGTCTGAATATGAGCAGCACCGGCAACACAAATCTCAACAAGGTGGTGCAACTTTTAATTTGCGACCTTCTGCTTTCATTGCGCACTTCCTTATGGCAGAAACAGTCCTCCAGTCCAGCAGCTGGAGAATCTATTCATGCACCCACTTCTGTCCTAACAGGATTCCAGCGTGATCTCAGCAGTCTGCGTCGTTTGTCTTTCATCTTTAAACCTGCCCACTGCAAGCTCTTCCTCCATGAAGCCACAGTACGATTGATGGCTGGTGCAAGTCCAACCCGTACACATCAGCTTCTGCTACATATCTTGCAAAAACGCACAGCACTTGCAAATAAACAAGGTGACCTGGACTCATTACCTGGGCAACGGGAGAGAGCTACAGCTATTCTTCTGGCCTGTCGACACCTACCACTTTTATTCCTATCATCCACTGGG
5 1 2 seed DMZ xl264h13.5p CTAACAGGATTCCAGCGTGATCTCAGCAGTCTGCGTCGTTTGTCTTTCATCTTTAAACCTGCCCACTGCAAGCTCTTCCTCCATGAAGCCACAGTACGATTGATGGCTGGTGCAAGTCCAACCCGTACACATCAGCTTCTGCAACATAGCTTGCAAAAACGCACAGCACTTGCAAATAAACAAGGTGACCTGGACTCATTACCTGGGCAACGGGAGAGAGCTACAGCTATTCTTCTGGCCTGTCGACACCTACCACTTTCATTCCTATCATCCCCTGGGCAGAGAGCAGTCATGCTTGCCGAAGCTGCCCGAACTCTTGAGAAAGTGGGCGACCGTCGCTCTTACCACGATTGTCANCAAATGATGGTAAAGCTGANTGGCGGTACTGCTATGGCAGCCTCCTGA
5 1 1 add Tbd7 out XL057g22.5p CTCTGACCTTTAAACCTGCCCACTGCAAGCTCTTCCTNCATGAAGCCACAGTACGATTGATGGCCGGTGCAAGTCCAACTCGTACACATCAACTTCTGCAACACAGCCTACAAAAACGCACCGCACTTGCAAATAAACAAGGTGATCTGGACTCGTTACCTGGGCAGCGGGAGAGAGCTACAGCAATTCTCCTGGCCTGCCGACACCTACCACTTTCATTTCTGTCATCCCCTGGGCAGAGAGCCGTCATGCTTGCTGAAGCTGCCCGAACTCTCGAGAAAGTGGGTGACCGTCGTTCTTACCACGATTGCCAGCAAATGATGGTGAAGTTGAGCGGTGGCACTGCTATGGCAGCCTCCTGAAACGGACACTCGCCCAGATCTGTTGGGAAGAAACAACATTCTCTTTTTCC
In case of problems mail me! (mike.gilchrist@crick.ac.uk)