Gurdon Institute Xenopus tropicalis EST Database

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+ Application in use by Guest User - 04 Jul 2020 - database INFO-PUBLIC =
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Introduction
Find Expressed Sequences
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Find Expressed Sequences
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By Clone or Sequence Name
By Gene Symbol
Via Blast
By Plate
.
=
By Clone or Sequence Name
Enter clone name to retrieve cluster
clone or transcript name . (Qiagen Xt oligo IDs are also recognised)
which clone end? . 5' 3' cDNA
font size for cluster .
Set frame . 1 2 3 auto find
Manage display
switch off ... . expression profile related clusters menus
activate ... . blast hits
Data may take 10 - 20 seconds to download, please be patient

.
.
=

.


Estimated expression levels relative to total library clones.
(detailed explanation)

0.01% 0.01%
Stage specific expression levels Tissue specific expression levels
stage 1 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60tissue Bod Bone Brn Eye Fat Hrt Int Kid Liv Lun Mus Ova Ovi Panc Ski Spl Sto Te Thy

 Related Clusters

         CS%  VC Transcript                               Size Type    Links    % In    % Out     Identified Blast Description.
     1   2.0    0Xt7.1-CABK7634.3                           17 END     1           1        5                LOC494743 protein [Xenopus laevis]

 This cluster: approximate FL confidence score = 97%
Application error: Error while executing statement.
22001 [Microsoft][ODBC SQL Server Driver][SQL Server]String or binary data would be truncated.

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1012072401 Xt7.1-CABJ5930.3 - 85 ESTs ....-120......-110......-100......-90.......-80.......-70.......-60.......-50.......-40.......-30.......-20.......-10.......0.........10........20........30........40........50........60........70........80........90........100.......110.......120.......130.......140.......150.......160.......170.......180.......190.......200.......210.......220.......230.......240.......250.......260.......270.......280.......290.......300.......310.......320.......330.......340.......350.......360.......370.......380.......390.......400.......410.......420.......430.......440.......450.......460.......470.......480.......490.......500.......510.......520.......530.......540.......550.......560.......570.......580.......590.......600.......610.......620.......630.......640.......650.......660.......670.......680.......690.......700.......710.......720.......730.......740.......750.......760.......770.......780.......790.......800.......810.......820.......830.......840.......850.......860.......870.......880.......890.......900.......910.......920.......930.......940.......950.......960.......970.......980.......990.......1000......1010......1020......1030......1040......1050......1060......1070......1080......1090......1100......1110......1120......1130......1140......1150......1160......1170......1180......1190......1200......1210......1220......1230......1240......1250......1260......1270......1280......1290......1300......1310......1320......1330......1340......1350......1360......1370......1380......1390......1400......1410......1420......1430......1440......1450......1460......1470......1480......1490......1500......1510......1520......1530......1540......1550......1560......1570......1580......1590......1600......1610......1620......1630......1640......1650......1660......1670......1680......1690......1700......1710......1720......1730......1740......1750......1760......1770......1780......1790......1800......1810......1820......1830......1840......1850......1860......1870......1880......1890......1900......1910......1920......1930......1940......1950......1960......1970......1980......1990......2000......2010......2020......2030......2040......2050......2060......2070......2080......2090......2100......2110......2120......2130......2140......2150......2160......2170......2180......2190......2200......2210......2220......2230......2240......2250......2260......2270......2280......2290......2300......2310......2320......2330......2340......2350......2360......2370......2380......2390......2400......2410......2420......2430......2440......2450......2460......2470......2480......2490......2500......2510......2520......2530......2540......2550......2560......2570......2580......2590......2600......2610......2620......2630......2640......2650......2660......2670......2680......2690......2700......2710......2720......2730......2740......2750......2760......2770......2780......2790......2800 ? ? ? ? ? ? ? ? Xt7.1-CABJ5930.3 CTAGAGTCAGTGGCAAGGGTACAATCCGGAGGGGCTCCTAGGAAATATCGAGCACGGAGTATTACAGTAATCTCGTTACGGAGGAGATACCGGCCTGGGGCAAGGGGGCCAGCATGATGGAGATCGAGATGCCCCTGCCACTGCAGTCACAACAGGATATGGATCTGATTGATATTCTTTGGAAGCAAGACATTGACCTCGGTGTTAGCCGTGAGGTTTTCGACTATAACCAAAGACAGAAGGAAAATGAATTGGAGAAACAGAAGAAGCTTGAAAAGGAGCGGCAAGAGCAGCTGCAGAAGGAACGGGAAAAAGCACTCTACGCCCAACTGCAATTAGATGAGGAGACAGGGGAATTCATCCCAATCCAACAGGCTGCACCTATTGAGACTGCAGCAGTCACACAGGAGCTTGCCAGTTCCATTGAGGTCAAACCCAGTTTGGTACATGATTTATCCTTTGATGAATGCTTGAAGATTTTGGGTGAAACATTCCAGTTAGGACCAGCTAATGAGGAATCCTCTTTGGCATACCAGACACTAGAACCCAGTGATCCTATTGAAACAAACCAGACCTTCCTCCAGTCTGAACCAAATCCGGTACCAGCTGGCACGCTGAGCAGCATACCTGCGGAAGGAGAGATTATGCATGAAATGAATCAGGCTTGGGAGGAGTTATTGTCTATTCCTGAGTTACAGTGCCTTAACAATGAGATTGAAAACATGGTGGACCTAAGCATGTATACAAACCAAGAATCCATCACAATGACAGAGACTCCAGACACTTACAGCTTCCTTAGTCCCCTGTCCACTATTGAAAAACCACATGAAAGCAGCACTGTTTTCTCCAGTGATCTTGTGGATACGTTCACTAGTAGTCTACCATCAGTAAACACAAATACAGCCTTTAATGTTGAGTCATTCTGCGATGATATATTTACACTTGACCCAAAAGTGACCAATGTTGTGCCTTTAACAGACAATTCAGGCCAGTTGCTGAATGAGCTTTTGAATGATAACGTTGATATTACAGACTTGTCATTATGTAAAGCTTTTAATGGGAACAACCAACCAGAATTCAATGATTCTGATTCTGGTGTTTCTGTCAATGCCAGTCCATGTGCAACATCACCTTCCCAGTCCATGAGTGGTTCCGTCTATGGTGAGCCTCATCATAGCTACAGTGATTCAGACATGGAAGATATGGACAGCACTCCAGAGACTGCACAGCAAAAACCTCCAGACAATTTTACTGCAGCATTTACTGAGGACACATACTTCACTCTTTCGCCTTTTGTCTCGCATGACACAGATCCCTTTGATATAGAAGCTCACACCCCTTCGGCAAAAGAGATACCTGCTAGCCCAGGCTATAGCAAGGCTCCGTTTGCCAAGGACAAGTATTTAAGCCGCCAAGAAGCTCGTTTCACCAGAGACGAGCAAAGAGCAAAGGTTCTCAACATACCATTCTCTGTCGATAAAATAGTTAACCTTCCAGTGGACAACTTTAATGAGTTGATGTCCAAGTATCAGTTTAACGAGGCCCAGCTTGCCCTCATAAGAGATATAAGGAGGCGGGGCAAAAATAAAGTAGCTGCTCAGAATTGTCGGAAGAGGAAGATGGACAACATAGTGGAATTGGAGACTGATCTGGACAAGCTTAAGTATGAAAAAGAGAAATTACTTGCTGAACGAGGAGAGTACAACAACAGCCTTAGTCAACTGAAGAAGAAGCTTGGCGCCCTGTACATGGAGGTCTTTAATAAGCTGCAAGACGAGAATGGGCAACCATACTCCCCTCATGAATACTCCCTCCAGCAGACAAAGGAGGGAAATATTTTCCTTGTTCCAAAAACCAAGAAAGTTAGCATAAAGAAGGAATAGCAAATATATTATAACATTTTTATTGTTTATTCTGGGATGGAATCCCAGTGTTTGGCCTAAGGTGGATGACTGGGATGCGTTAAAGAAGTAGCTCACCAGAACTAGTCTTTGTACTGTAGCACTTAAACCGGGGCAGGGGTTAAAAAAAATACAAATTAGTCTTATGCAGTTAATAGTTAACTAATTAGTCCAGCTGAAACCTAATTAAACATTTGGAGTGTTTCAGTCTGCACCCTAATAAGGAGTGCTTAGGTAAAACTGGTATGTTTAACAGAGTTATATAGCATATTCAGATGTGTGCTTTCGACAACATTTCCAATATACCGGACTTAAACTGATTAGTATTTTCTGCAAAATCCGGCCTCGTTGTGGCTTGCGAGACAGATGGGCATTACCGGATGCGACTTCTGCAGGATCAGTCATTTTTATTTTCGTTATTAAATATTGTTTCCGTATATCTTGCACTTATTTTTTTTTTTTTGGTTTCAGTAGTCAGAAATCTGAAAATATTTGGTATACAGAAATATATCAGGCAACAGACATCTCATGTAAAATCTGCAGTCTTTTATAGAACATCCTATATTTCCTTATTGCGACACTGTCTTTCTAAATAACTGTAAATAGTGCAATACATCATATTTATGTATATATATAATTCCTATTTTATTTGCTAAGAAACGTACCAAAAATAAATTTAGTACACTAAATATCATTTGTGGCAAATCATGTTTGTAACTGCTGATTCTTTTATAGAGAGCTTTATTTCTTTTTACTTTTTTTTTAATTTTGAATTTTTGGTTTTTTTTCCCTTTTAAATTCTGTTTTCATTTAGCAAGACAGATGACAGTTAATAAAGCATAAAATA Xt7.1-CHK-1008223742 TCAGTGGCAAGGGTACAATCCGGAGGGGCTCCTAGGAAATATCGAGCACGGAGTATTACAGTAATCTCGTTACGGAGGAGATACCGGCCTGGGGCAAGGGGGCCAGCATGATGGAGATCGAGATGCCCCTGCCACTGCAGTCACAACAGGATATGGATCTGATTGATATTCTTTGGAAGCAAGACATTGACCTCGGTGTTAGCCGTGAGGTTTTCGACTATAACCAAAGACAGAAGGAAAATGAATTGGAGAAACAGAAGAAGCTTGAAAAGGAGCGGCAAGAGCAGCTGCAGAAGGAACGGGAAAAAGCACTCTACGCCCAACTGCAATTAGATGAGGAGACAGGGGAATTCATCCCAATCCAACAGGCTGCACCTATTGAGACTGCAGCAGTCACACAGGAGCTTGCCAGTTCCATTGAGGTCAAACCCAGTTTGGTACATGATTTATCCTTTGATGAATGCTTGAAGATTTTGGGTGAAACATTCCAGTTAGGACCAGCTAATGAGGAATCCTCTTTGGCATACCAGACACTAGAACCCAGTGATCCTATTGAAACAAACCAGACCTTCCTCCAGTCTGAACCAAATCCGGTACCAGCTGGCACGCTGAGCAGCATACCTGCGGAAGGAGAGATTATGCATGAAATGAATCAGGCTTGGGAGGAGTTATTGTCTATTCCTGAGTTACAGTGCCTTAACAATGAGATTGAAAACATGGTGGACCTAAGCATGTATACAAACCAAGAATCCATCACAATGACAGAGACTCCAGACACTTACAGCTTCCTTAGTCCCCTGTCCACTATTGAAAAACCACATGAAAGCAGCACTGTTTTCTCCAGTGATCTTGTGGATACGTTCACTAGTAGTCTACCATCAGTAAACACAAATACAGCCTTTAATGTTGAGTCATTCTGCGATGATATATTTACACTTGACCCAAAAGTGACCAATGTTGTGCCTTTAACAGACAATTCAGGCCAGTTGCTGAATGAGCTTTTGAATGATAACGTTGATATTACAGACTTGTCATTATGTAAAGCTTTTAATGGGAACAACCAACCAGAATTCAATGATTCTGATTCTGGTGTTTCTGTCAATGCCAGTCCATGTGCAACATCACCTTCCCAGTCCATGAGTGGTTCCGTCTATGGTGAGCCTCATCATAGCTACAGTGATTCAGACATGGAAGATATGGACAGCACTCCAGAGACTGCACAGCAAAAACCTCCAGACAATTTTACTGCAGCATTTACTGAGGACACATACTTCACTCTTTCGCCTTTTGTCTCGCATGACACAGATCCCTTTGATATAGAAGCTCACACCCCTTCGGCAAAAGAGATACCTGCTAGCCCAGGCTATAGCAAGGCTCCGTTTGCCAAGGACAAGTATTTAAGCCGCCAAGAAGCTCGTTTCACCAGAGACGAGCAAAGAGCAAAGGTTCTCAACATACCATTCTCTGTCGATAAAATAGTTAACCTTCCAGTGGACAACTTTAATGAGTTGATGTCCAAGTATCAGTTTAACGAGGCCCAGCTTGCCCTCATAAGAGATATAAGGAGGCGGGGCAAAAATAAAGTAGCTGCTCAGAATTGTCGGAAGAGGAAGATGGACAACATAGTGGAATTGGAGACTGATCTGGACAAGCTTAAGTATGAAAAAGAGAAATTACTTGCTGAACGAGGAGAGTACAACAACAGCCTTAGTCAACTGAAGAAGAAGCTTGGCGCCCTGTACATGGAGGTCTTTAATAAGCTGCAAGACGAGAATGGGCAACCATACTCCCCTCATGAATACTCCCTCCAGCAGACAAAGGAGGGAAATATTTTCCTTGTTCCAAAAACCAAGAAAGTTAGCATAAAGAAGGAATAGCAAATATATTATAACATTTTTATTGTTTATTCTGGGATGGAATCCCAGTGTTTGGCCTAAGGTGGATGACTGGGATGCGTTAAAGAAGTAGCTCACCAGAACTAGTCTTTGTACTGTAGCACTTAAACCGGGGCAGGGGTTAAAAAAAATACAAATTAGTCTTATGCAGTTAATAGTTAACTAATTAGTCCAGCTGAAACCTAATTAAACATTTGGAGTGTTTCAGTCTGCACCCTAATAAGGAGTGCTTAGGTAAAACTGGTATGTTTAACAGAGTTATATAGCATATTCAGATGTGTGCTTTCGACAACATTTCCAATATACCGGACTTAAACTGATTAGTATTTTCTGCAAAATCCGGCCTCGTTGTGGCTTGCGAGACAGATGGGCATTACCGGATGCGACTTCTGCAGGATCAGTCATTTTTATTTTCGTTATTAAATATTGTTTCCGTATATCTTGCACTTATTTTTTTTTTTTTGGTTTCAGTAGTCAGAAATCTGAAAATATTTGGTATACAGAAATATATCAGGCAACAGACATCTCATGTAAAATCTGCAGTCTTTTATAGAACATCCTATATTTCCTTATTGCGACACTGTCTTTCTAAATAACTGTAAATAGTGCAATACATCATATTTATGTATATATATAATTCCTATTTTATTTGCTAAGAAACGTACCAAAAATAAATTTAGTACACTAAATATCATTTGTGGCAAATCATGTTTGTAACTGCTGATTCTTTTATAGAGAGCTTTATTTCTTTTTACTTTTTTTTTAATTTTGAATTTTTGGTTTTTTTTCCCTTTTAAATTCTGTTTTCATTTAGCAAGACAGATGACAGTTAATAAAGCATAAAATACCATCT consensus depths 10 10 11 12 12 12 14 14 17 17 17 17 17 17 17 17 17 17 17 17 17 17 17 17 17 17 17 17 17 17 17 17 17 17 17 17 18 18 18 18 18 18 18 18 18 18 18 18 18 18 18 18 18 18 18 18 17 17 17 17 18 18 18 18 18 18 18 18 18 18 18 18 18 18 18 18 18 18 18 18 18 18 18 18 18 18 19 19 19 19 20 20 20 20 20 20 20 20 19 20 19 20 19 20 19 20 19 20 19 20 16 20 17 20 17 20 17 19 17 19 17 19 16 19 14 17 12 16 13 16 13 17 13 16 12 15 10 15 10 15 10 15 11 15 10 12 10 11 9 10 7 8 9 9 8 8 9 9 8 8 8 8 8 9 8 9 8 9 8 8 8 9 9 10 9 10 10 11 10 11 10 11 10 11 10 11 10 11 10 11 10 11 10 11 11 12 11 12 10 11 11 11 12 13 11 13 12 13 12 13 12 14 13 14 13 14 13 15 14 16 14 15 14 15 14 15 12 13 12 13 12 13 12 13 12 13 11 12 11 12 11 12 11 12 11 12 11 12 11 12 11 12 11 12 11 12 11 12 11 12 11 12 12 13 13 13 13 14 12 13 12 13 12 13 12 13 12 13 10 11 10 11 9 10 12 14 14 16 12 16 12 16 12 16 13 16 13 16 14 19 13 19 14 19 16 21 18 21 20 22 22 24 21 26 22 26 20 27 22 28 21 27 23 28 26 31 27 32 29 35 28 35 31 37 31 38 31 36 34 37 36 39 35 41 38 42 38 42 39 44 39 44 41 46 43 47 44 48 45 48 45 48 44 48 43 48 45 48 45 48 44 47 44 47 43 47 44 47 44 47 40 47 44 47 43 47 43 46 40 46 41 46 42 45 37 45 37 45 37 45 37 45 37 45 37 45 37 45 37 45 37 45 36 45 37 45 37 45 37 46 37 45 36 44 34 43 34 43 32 42 26 37 19 31 19 26 18 24 17 23 17 23 18 22 17 22 16 22 16 22 15 22 15 22 15 22 14 21 SNP ----C------- SNP -------G---- SNP --------T--- SNP ---T-------- SNP ----A------- SNP ----------A- SNP ---------C-- SNP -----------T SNP -C---------- SNP ----------A- BLH ATG 113 1762 BLH MIN 71 168 BLH OVR 113 107 EST CLI -7 50 ORF LNG 113 15 PROTEIN --- Ce ---- 1e-012 NP_741405.1 the Binding Domain Of Skn-1 In Complex With A New Dna-Binding Motif like, SKiNhead SKN-1 (skn-1) [Caenorhabditis elegans] ------------------------------================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================== PROTEIN --- Dm ---- 9e-038 NP_732835.1 CG17894-PA [Drosophila melanogaster] ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------============================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================== PROTEIN --- Ci ---- 1e-041 BAE06577.1 transcription factor protein [Ciona intestinalis] ==================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================== PREDICTED - Sp ---- 2e-046 XP_779986.1 PREDICTED: similar to Nuclear factor erythroid 2 related factor 1 (NF-E2 related factor 1) (NFE2-related factor 1) (Nuclear factor, erythroid derived 2, like 1) (Transcription factor 11) (Transcription factor HBZ17) (Transcription factor LCR-F1) (Locus con ================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================= PROTEIN === Dr ==== 2e-113 NP_878309.1 nuclear factor (erythroid-derived 2)-like 2 [Danio rerio] ============================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================ PROTEIN === Gg ==== 2e-142 NP_990448.1 ECH [Gallus gallus] ===================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================== PROTEIN === Mm ==== 6e-155 NP_035032.1 nuclear, factor, erythroid derived 2, like 2 [Mus musculus] ============================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================= PROTEIN === Hs ==== 7e-156 NP_006155.2 nuclear factor (erythroid-derived 2)-like 2 [Homo sapiens] ============================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================== PROTEIN === Xl ==== 0 AAH74462.1 MGC84750 protein [Xenopus laevis] =========================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================== PROTEIN === ?? ==== 0 NP_001086307.1 MGC84750 protein [Xenopus laevis] ======================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================= PROTEIN === Xt ==== 0 AAH79927.1 Nfe2l2-prov protein [Xenopus tropicalis] ==================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================== Xt7.1-CABJ5930.3 TAG------------------------------------------------------------------------ATGATG---------ATG---------------------------ATG---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ATG------ATG------------------------------------------------------------------ATG------------ATG------------------------ATG---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ATG------------------------------------------------ATG------ATG------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ATG---------------------------------------------------------------------------------------------------ATG------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ATG---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TAG------------------------------------ATG------------------TAA------TGA---------------------------------TAG------------------TAA------------------------------TAG------------------TAA---------------------TAA---------------------------------------------TAG------------------------------------------------------------------------------TAA------TAG------------------------------------------ATG---------------------------------------------------TAA------------------------------------------------TAG---------TGA------------------------------------------ATGTAA---------------------------------------------------------------------TAG------------------------------------------------------------------------------------------------------------TAA---------------TAG---------------------------------------------------------------------------------------ATG---------------TAA ORF [ open reading frame ] 5 1 1 Tbd0 FL IMAGE:6976692.FL-MGC 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5 1 2 10 bld Liv1 5g3 in CAAR13109.5p 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