Gurdon Institute Xenopus tropicalis EST Database

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+ Application in use by Guest User - 20 Jan 2022 - database INFO-PUBLIC =
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activate ... . blast hits
Data may take 10 - 20 seconds to download, please be patient

.
.
=

.


Estimated expression levels relative to total library clones.
(detailed explanation)

0.01% 0.01%
Stage specific expression levels Tissue specific expression levels
stage 1 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60tissue Bod Bone Brn Eye Fat Hrt Int Kid Liv Lun Mus Ova Ovi Panc Ski Spl Sto Te Thy

 Related Clusters

         CS%  VC Transcript                               Size Type    Percent  From       To     Identified Blast Description.
     1 513.0    0Xt7.1-CBTC11138.3                        2220 PI      79         30      733                Unknown (protein for MGC:108396) [Xenopus tropicalis]
     21196.0    0Xt7.1-IMAGE:6982807.5                       4 PI      93          6      794                Hypothetical LOC496627 [Xenopus tropicalis]
     3 865.0    0Xt7.1-IMAGE:6982204.5                       4 PI      87          1      733                Unknown (protein for MGC:97681) [Xenopus tropicalis]

 This cluster: approximate FL confidence score = 80%

 1012086927 Xt7.1-NISC_no21g09.5 - 13 ESTs
                                                                       -1000.....-990......-980......-970......-960......-950......-940......-930......-920......-910......-900......-890......-880......-870......-860......-850......-840......-830......-820......-810......-800......-790......-780......-770......-760......-750......-740......-730......-720......-710......-700......-690......-680......-670......-660......-650......-640......-630......-620......-610......-600......-590......-580......-570......-560......-550......-540......-530......-520......-510......-500......-490......-480......-470......-460......-450......-440......-430......-420......-410......-400......-390......-380......-370......-360......-350......-340......-330......-320......-310......-300......-290......-280......-270......-260......-250......-240......-230......-220......-210......-200......-190......-180......-170......-160......-150......-140......-130......-120......-110......-100......-90.......-80.......-70.......-60.......-50.......-40.......-30.......-20.......-10.......0.........10........20........30........40........50........60........70........80........90........100.......110.......120.......130.......140.......150.......160.......170.......180.......190.......200.......210.......220.......230.......240.......250.......260.......270.......280.......290.......300.......310.......320.......330.......340.......350.......360.......370.......380.......390.......400.......410.......420.......430.......440.......450.......460.......470.......480.......490.......500.......510.......520.......530.......540.......550.......560.......570.......580.......590.......600.......610.......620.......630.......640.......650.......660.......670.......680.......690.......700.......710.......720.......730.......740.......750.......760.......770.......780.......790.......800.......810.......820.......830.......840.......850.......860.......870.......880.......890.......900.......910.......920.......930.......940.......950.......960.......970.......980.......990.......1000......1010......1020......1030......1040......1050......1060......1070......1080......1090......1100......1110......1120......1130......1140......1150......1160......1170......1180......1190......1200......1210......1220......1230......1240......1250......1260......1270......1280......1290......1300......1310......1320......1330......1340......1350...
 ?   ?   ?    ?    ?     ?    ?   ? 
                                                  Xt7.1-NISC_no21g09.5                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         CATGAAACTTCTCCTGATCTGTGTGCTCCTGGGAGCCGCCGCTGCCTTTGATGATGATAAGATCATAGGAGGCTCCACCTGTGCCAGGAACTCTGTGCCCTACATCGTCTCCCTGAACTCTGGCTACCATTTCTGTGGGGGGTCCCTGATCAGTAACCAGTGGGTCGTGTCTGCCGCTCACTGCTACAAGGCGAGCGTCCAGGTCAGGCTGGGGGAACACAACATCGCCCTAAGTGAGGGAACCGAGCAATTCATCAACTCTGCCAAGGTCATCAGGCACCCCAGCTACAACTCCAGGACCATAGACAATGACATCATGTTGATCAAACTTGCCTCTCCCGCCTCCCTCAACTCAGCCGTCAACACCGTGGCTCTGCCTTCTAGTTGTGCCGCCGCCGGTACCAGCTGCCTGGTCTCTGGCTGGGGCAACCTTTCCACCACTACCTCCAATTACCCCGACCTCCTGCAGTGCCTGAATGCCCCCATCCTGACCACCGCCCAGTGTTCAGGCGCCTACCCCGGGCAGATCACCAACAACATGTTCTGTGCTGGATTCCTGGAGGGTGGCAAGGACTCCTGCCAGGGTGACTCTGGTGGCCCCGTTGTGTGTAATGGGGAGCTGCAGGGTATTGTGTCCTGGGGTATCGGCTGTGCCCAGAGGAACTACCCCGGAGTCTACGCCAAGGTCTGCAACTACAACTCCTGGATCCAGAGCACCATTGCTGCCAACTAATCCTTTTACTGTTTGGAAACTCTCGGTTTTGGTTCTGATTCTGTGGAACAAATAGAACTTGCAAATAAATATTTTATTTATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
                                                  Xt7.1-CHK-1008233615                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ACTTCTCCTGATCTGTGTGCTCCTGGGAGCCGCCGCTGCCTTTGATGATGATAAGATCATAGGAGGCTCCACCTGTGCCAGGAACTCTGTGCCCTACATCGTCTCCCTGAACTCTGGCTACCATTTCTGTGGGGGGTCCCTGATCAGTAACCAGTGGGTCGTGTCTGCCGCTCACTGCTACAAGGCGAGCGTCCAGGTCAGGCTGGGGGAACACAACATCGCCCTAAGTGAGGGAACCGAGCAATTCATCAACTCTGCCAAGGTCATCAGGCACCCCAGCTACAACTCCAGGACCATAGACAATGACATCATGTTGATCAAACTTGCCTCTCCCGCCTCCCTCAACTCAGCCGTCAACACCGTGGCTCTGCCTTCTAGTTGTGCCGCCGCCGGTACCAGCTGCCTGGTCTCTGGCTGGGGCAACCTTTCCACCACTACCTCCAATTACCCCGACCTCCTGCAGTGCCTGAATGCCCCCATCCTGACCACCGCCCAGTGTTCAGGCGCCTACCCCGGGCAGATCACCAACAACATGTTCTGTGCTGGATTCCTGGAGGGTGGCAAGGACTCCTGCCAGGGTGACTCTGGTGGCCCCGTTGTGTGTAATGGGGAGCTGCAGGGTATTGTGTCCTGGGGTATCGGCTGTGCCCAGAGGAACTACCCTGGAGTCTACGCCAAGGTCTGCAACTACAACTCCTGGATCCAGAGCACCATTGCTGCCAACTAATCCTTTTACTGTTTGGAAACTCTCGGTTTTGGTTCTGATTCTGTGGAACAAATAGAACTTGCAAATAAATATTTTATTTxTxxxAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
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                                               BLH ATG       1     239                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         
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                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 PROTEIN --- Ce ---- 2e-035     NP_494910.2 ZK546.15 [Caenorhabditis elegans] -------------------------------------------------------------------------------------=================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               PROTEIN --- Br ---- 3e-037     AAQ96651.1 elastase I [Branchiostoma belcheri tsingtaunese] =========================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
                                                                       ...PROTEIN --- Bb ---- 6e-039     BAC75886.1 mannose-binding lectin associated serine protease-1 [Branchiostoma belcheri] ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------==========================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          PREDICTED - Sp ---- 7e-043     XP_001201324.1 PREDICTED: similar to LOC561562 protein [Strongylocentrotus purpuratus] --------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------=============================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       PROTEIN --- Dm ---- 1e-048     NP_523518.2 Trypsin 29F CG9564-PA [Drosophila melanogaster] ========================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                PROTEIN === Hs ==== 2e-101     NP_002761.1 protease, serine, 2 preproprotein; trypsinogen 2; anionic trypsinogen; trypsin2; trypsin II [Homo sapiens] ===================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    PROTEIN --- Dr ---= 4e-102     NP_571783.1 trypsin [Danio rerio] =============================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                PREDICTED = Gg ==== 2e-103     XP_001231334.1 PREDICTED: similar to trypsinogen [Gallus gallus] =========================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                PROTEIN === Mm ==== 2e-106     NP_035776.1 trypsin 4 [Mus musculus] =====================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                PREDICTED = ?? ==== 6e-124     NP_001079770.1 hypothetical protein LOC379460 [Xenopus laevis] ===========================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             PROTEIN --- Xl ---- 1e-126     AAI06433.1 LOC733345 protein [Xenopus laevis] -------------==================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
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                                                  Xt7.1-NISC_no21g09.5                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ATG------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ATG---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ATG---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TAA
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  5   1   2       bld Tad5      in                         XZT64262.5p                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   GTCCCAAGCTCATTCCCCAAGCAGAACCTCTTGCTCCAATGAAACATCTCCTTCTCCATTACTTTTGCCTTTTCATTTCCGTGCATTTACTTTCCCTTGAAGGAGCGTCCAGGTCAGGCTGGGGGAACACAACATCGCCCTAAGTGAGGGAACCGAGCAATTCATCAACTCTGCCAAGGTCATCAGGCACCCCAGCTACAACTCCAGGACCATAGACAATGACATCATGTTGATCAAACTTGCCTCTCCCGCCTCCCTCAACTCAGCCGTCAACACCGTGGCTCTGCCTTCTAGTTGTGCCGCCGCCGGTACCAGCTGCCTGGTCTCTGGCTGGGGCAACCTTTCCACCACTACCTGTAAGTTACCAGACCAAGTAATGTAGGTTCTGTAATTAACAAATACCCATTTCTGAAGGTAATTATACTGCAGTGCAAGCTTCTGCCCCCCGAGCCCCCAGATCTGAGTCCACTATAAAGTCACAAACACAGAAAATATTCAGCCCTAAGTAGATAATTCTGTATCAGTTATTTATTGTGTGACTGAGAGGGGAAAGTGCAAGTTCCAGTAAGTGAATTTGCTTTTTGCAGTTGCCTGTAGCTCCCCCTGTGGCACCGGGGGCACAAACTATGAGTTCTACAGAAGATCCATTTCTTTGTTACCAACACAACTGCCCAAGTGCCAGTGATGGGACACGTCCATGAAAGGAGATCAGTAGCTGCTCCTTGTAGCCACCTAGAAATAGGGTCCCTTCCTTTCTGTGNGGCAATAATTGGCTACTTACCCACATAACCCACCCCAACCTCTCCTTTTGAAGAGCAGCTACTAATCTCCCTGAGTGACATTACCCTTTACTCAGTCATTTTATATCTTCACCTTTATTTTCAGCCAATTACCCTGAC
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  3   1   2      seed Tad0 5g3  in                     NISC_no21g09.x1                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          AGCGTCCAGGTCAGGCTGGGGGAACACAACATCGCCCTAAGTGAGGGAACCGAGCAATTCATCAACTCTGCCAAGGTCATCAGGCACCCCAGCTACAACTCCAGGACCATAGACAATGACATCATGTTGATCAAACTTGCCTCTCCCGCCTCCCTCAACTCAGCCGTCAACACCGTGGCTCTGCCTTCTAGTTGTGCCGCCGCCGGTACCAGCTGCCTGGTCTCTGGCTGGGGCAACCTTTCCACCACTACCTCCAATTACCCCGACCTCCTGCAGTGCCTGAATGCCCCCATCCTGACCACCGCCCAGTGTTCAGGCGCCTACCCCGGGCAGATCACCAACAACATGTTCTGTGCCGGATTCCTGGAGGGCGGAAAGGACTCCTGCCAGGGTGACTCTGGTGGCCCCGTTGTGTGTAATGGGGAGCTGCAGGGTATTGTGTCCTGGGGTATCGGCTGTGCCCAGAGGAACTACCCCGGTGTCTACGCCAAGGTCTGCAACTACAACTCCTGGATCCAGAGCACCATTGCTGCCAACTAATCCTTTTACTGTTTGGAAACTCTCGGTTTTGGTTCTGATTCTGTGGAACAAATAGAACTTGCAAATAAATATTTTATTTATAAAAAAAAAAAAAAAAG
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